Rozdiel medzi BLAST a FastA

kľúčový rozdiel medzi BLAST a FastA je to BLAST je základný nástroj na zarovnanie dostupný na webovej stránke Národného centra pre biotechnologické informácie, zatiaľ čo FastA je nástroj na vyhľadávanie podobnosti dostupný na webovej stránke Európskeho inštitútu bioinformatiky..

BLAST a FastA sú dva programy, ktoré sa široko používajú na porovnávanie biologických sekvencií DNA, aminokyselín, proteínov a nukleotidov rôznych druhov a na zisťovanie ich podobností. Tieto algoritmy boli napísané s ohľadom na rýchlosť. Pretože, keď vedci dokázali izolovať DNA v laboratóriu v polovici 80. rokov, vyvstala potreba porovnávať a nájsť identické gény pre ďalší výskum vysokou rýchlosťou. Z tohto dôvodu boli tieto dva softvérové ​​programy vyvinuté takým spôsobom, že užívateľ môže urobiť rýchle vyhľadávanie podobných sekvencií ako ich dopytové sekvencie.

BLAST je skratka pre Základný nástroj na lokálne zarovnanie a používa lokalizovaný prístup pri porovnávaní týchto dvoch sekvencií. FastA je softvér odkazujúci na Fast A, kde A znamená All. Softvér tu pracuje s abecedami ako Fast A pre sekvenovanie DNA a Fast P pre bielkoviny. BLAST aj FastA sú veľmi rýchle pri porovnávaní akejkoľvek genómovej databázy, a preto sú veľmi životaschopné monetárne aj šetria čas.

OBSAH

1. Prehľad a kľúčový rozdiel
2. Čo je BLAST
3. Čo je FastA
4. Podobnosti medzi BLAST a FastA
5. Porovnanie bok po boku - BLAST verzus FastA v tabuľkovej forme
6. Zhrnutie

Čo je BLAST?

BLAST je jedným z najpoužívanejších bioinformatických softvérov, ktorý bol vyvinutý v roku 1990. Odvtedy je k dispozícii pre všetkých v lokalite NCBI. K tomuto softvéru má navyše prístup a môže ho používať každá osoba. Navyše, BLAST je softvér, ktorý vyžaduje vstupné dáta alebo sekvencie vo formáte FastA. Poskytuje však výstupné údaje vo formáte obyčajného textu, HTML alebo XML. BLAST pracuje na princípe hľadania lokalizovaných podobností medzi dvoma sekvenciami a užšieho zoznamu podobných sekvencií a potom vyhľadáva podobnosti v okolí..

Obrázok 01: Výsledky BLAST

Tento softvér teda vyhľadáva veľký počet podobných miestnych regiónov a vedie k dosiahnutiu prahovej hodnoty. Tento proces sa však líši od skoršieho softvéru, ktorý najskôr prehľadáva celú sekvenciu a potom robí porovnanie, a preto si vyžiadal veľa času..

Okrem vyššie uvedenej kontroly podobnosti má BLAST mnoho ďalších použití, ako napríklad mapovanie DNA, porovnávanie dvoch identických génov u rôznych druhov, vytváranie fylogenetického stromu atď..

Čo je FastA?

FastA je softvér na zarovnávanie proteínových sekvencií. David J. Lipman a William R. Pearson opísali tento softvér v roku 1985. Aj keď počiatočné použitie tohto softvéru bolo len na porovnanie proteínových sekvencií, jeho modifikovaná verzia bola schopná porovnávať aj DNA sekvencie. Tento softvér tu používa princíp štatistického zisťovania podobnosti medzi dvoma sekvenciami. Spáruje jednu sekvenciu DNA alebo proteínu s inou sekvenciou metódou lokálneho usporiadania sekvencií.

Obrázok 02: FastA

Hľadá však podobnosť miestnych regiónov, ale nie najlepšiu zhodu medzi dvoma sekvenciami. Pretože tento softvér občas porovnáva lokalizované podobnosti, môže prísť aj s nesúladmi. V sekvencii FastA má malú časť známu ako k-n-tice, kde n-tice môžu byť od 1 do 6 a zhoduje sa s n-ticami z druhej sekvencie. Na konci procesu párovania, keď dosiahne prahovú hodnotu, sa získa výsledok.

Aké sú podobnosti medzi BLAST a FastA?

• BLAST a FastA sú bioinformatické nástroje používané na porovnávanie proteínových a DNA sekvencií pre podobnosti.
• Oba programy tiež používajú skórovaciu stratégiu na porovnávanie sekvencií.
• Okrem toho oba nástroje poskytujú vysoko presné výsledky.

Aký je rozdiel medzi BLAST a FastA?

BLAST je nástroj na kontrolu podobnosti medzi biologickými sekvenciami. Na druhej strane, FastA je ďalší program, ktorý uľahčuje kontrolu podobnosti proteínových a DNA sekvencií. V porovnaní s FastA je softvér BLAST veľmi populárny, pretože poskytuje presnejšie a rýchle výsledky. Preto je to rozdiel medzi BLAST a FastA. Okrem toho, na rozdiel od FastA, program BLAST je modifikovateľný podľa potreby užívateľa. Preto je to ďalší rozdiel medzi BLAST a FastA.

Nižšie uvedené infografické údaje o rozdieloch medzi BLAST a FastA poskytujú ďalšie podrobnosti.

Zhrnutie - BLAST vs FastA

BLAST a FastA sú dva programy, ktoré umožňujú používateľovi porovnať jeho sekvenciu dopytov so sekvenciami v existujúcich databázach a skontrolovať podobnosti. Prvotným účelom FastA bolo porovnávať iba proteínové sekvencie. Upravená verzia tohto softvéru však uľahčuje porovnávanie proteínov a DNA. Aj keď FastA je dobrý softvér, väčšina ľudí používa nástroj na zarovnanie BLAST, pretože je obľúbenejší a poskytuje presnejšie a rýchle výsledky ako FastA. Nástroj BLAST je tiež modifikovateľný podľa požiadaviek používateľa. V krátkosti to sumarizuje rozdiel medzi BLAST a FastA.

referencie:

1.Madden, Thomas. „Nástroj BLAST Sequence Analysis Tool.“ Aktuálne správy z neurológie a neurovedy., Národná lekárska knižnica USA, 15. marca 2013. K dispozícii tu 

S láskavým dovolením:

1. ”Výsledky výbuchu CCDC132” od NCBI Blast - NCBI Blast (Public Domain) prostredníctvom Commons Wikimedia  
2. “Promótorský región FAM149A (formát FASTA)” LarsonGCD - vlastná práca, (CC BY-SA 3.0) prostredníctvom Commons Wikimedia