Rozdiel medzi FISH a CGH

kľúčový rozdiel medzi FISH a CGH je to FISH je molekulárna technika, ktorá detekuje špecifickú sekvenciu DNA na chromozóme pomocou fluorescenčne označených sond, zatiaľ čo CGH je ďalšia molekulárna cytogenetická technika, ktorá detekuje zmeny v genomickej DNA..

Cytogenetická analýza hrá v medicíne dôležitú úlohu pri zisťovaní chromozomálnych abnormalít, ako sú aneuploidie, delécie, duplikácie a prestavby atď. Chromozomálne abnormality nakoniec vedú ku genetickým chorobám, ako je rakovina, neplodnosť, Downov syndróm, Klinefelterov syndróm, Turnerov syndróm, leukémia atď. Existujú rôzne molekulárne cytogenetické metódy na detekciu vyššie uvedených defektov a chorôb. Medzi nimi sú FISH (fluorescenčná in situ hybridizácia) a CGH (porovnávacia genómová hybridizácia) dve silné hybridizačné techniky. Obe metódy však majú klady a zápory.

OBSAH

1. Prehľad a kľúčový rozdiel
2. Čo je FISH 
3. Čo je CGH
4. Podobnosti medzi FISH a CGH
5. Porovnanie vedľa seba - FISH vs CGH v tabuľkovej forme
6. Zhrnutie

Čo je FISH?

FISH je technika hybridizácie nukleových kyselín vykonávaná na časti alebo časti tkaniva, v celom tkanive alebo bunkách. Je to metóda založená na sonde. Táto technika závisí od teórie párovania komplementárnych báz Watson Crick, čo vedie buď k hybridom DNA - DNA alebo hybridom DNA - RNA, ktoré tak môžu detegovať mutované gény alebo identifikovať identifikovaný gén. Ďalej táto technika používa jednovláknové DNA sekvencie, dvojvláknové DNA sekvencie, jednovláknové RNA sekvencie alebo syntetický oligonukleotid pripravený pomocou translácie nick ako sondy, ktoré sú komplementárne k požadovaným génovým sekvenciám. Okrem toho najdôležitejšou vlastnosťou tejto techniky je značenie sond fluorescenčnými farbivami. Sondy sa teda viažu na komplementárne časti chromozómu a uľahčujú detekciu.

FISH je navyše vysoko citlivou a špecifickou metódou. Ide teda o bežnú techniku ​​pri výskume a diagnostike hematologických malignít a solídnych nádorov. FISH však vykazuje nízke rozlíšenie. Vyžaduje sa tiež predchádzajúca znalosť cieľovej abnormality na navrhnutie sekvencií sondy.

Obrázok 01: FISH

Existuje veľa aplikácií FISH, hlavne v molekulárnej diagnostike infekčných chorôb na identifikáciu prítomnosti patogénov a potvrdenie patogénu prostredníctvom molekulárnej diagnostiky. Okrem toho je FISH bežne používanou technikou v oblasti vývojovej biológie, karyotypizácie a fylogenetickej analýzy a fyzikálneho mapovania chromozómov..

Čo je CGH?

Porovnávacia genómová hybridizácia (CGH) je ďalšou molekulárnou cytogenetickou technikou založenou na DNA, ktorá dokáže zistiť zmeny genomických sekvencií DNA. Táto metóda je pokročilou metódou, ktorá môže analyzovať chromozómové a génové modifikácie na detekciu zmien alebo zmien v genómových sekvenciách DNA. Ďalej, CGH vyžaduje izoláciu a fragmentáciu DNA z experimentálnej vzorky a referenčnej vzorky. Potom by sa vzorky mali označiť pomocou dvoch rôznych fluorescenčných farbív (obvykle červenej a zelenej). Neskôr sa obe vzorky zmiešajú a umožňuje ich kompetitívna hybridizácia. Posledným krokom je analýza vzoriek na zmeny v DNA, ako je napríklad duplikácia génov, strata génov atď. Najmä zmeria rozdiely počtu kópií DNA medzi testovanou vzorkou a kontrolnou vzorkou..

Obrázok 02: CGH

Teraz je k dispozícii ďalšia verzia CGH; je to pokročilejšia metóda ako normálny CGH. Je to technika, ktorá sa nazýva CGH založená na poli alebo aCGH. aCGH umožňuje presnú identifikáciu delécií génov alebo sekvencií v mnohých tisíckach sekvencií v jednom experimente.

Aké sú podobnosti medzi FISH a CGH?

• FISH a CGH sú dve molekulárne techniky.
• FISH aj CGH sa spoliehajú na hybridizáciu nukleových kyselín.
• Obidve techniky tiež potrebujú navrhnuté sondy na detekciu špecifických cieľov DNA.
• Používame ich na prenatálnu a postnatálnu diagnostiku genetických chorôb.
• FISH aj CGH sú navyše veľmi účinnými nástrojmi na štúdium genomických zmien.
• Na značenie sond používajú fluorescenčné farbivá.

Aký je rozdiel medzi FISH a CGH?

RYBA je in situ hybridizačný postup, ktorý využíva fluorescenčné sondy na detekciu špecifických sekvencií DNA, zatiaľ čo CGH je technika molekulárnej hybridizácie, ktorá detekuje zmeny genomických sekvencií DNA. Toto je kľúčový rozdiel medzi FISH a CGH.

Okrem toho FISH vyžaduje predchádzajúcu znalosť cieľovej abnormality na navrhnutie sekvencií sondy, zatiaľ čo CGH nevyžaduje predchádzajúce znalosti. Ďalším rozdielom medzi FISH a CGH je to, že FISH vykazuje obmedzené rozlíšenie, zatiaľ čo aCGH vykazuje vysoké rozlíšenie.

Nižšie uvedený infographic sumarizuje rozdiel medzi FISH a CGH.

Zhrnutie - FISH vs CGH

FISH a CGH sú dve molekulárne cytogenetické techniky, ktoré uľahčujú detekciu požadovaných génových sekvencií. FISH uľahčuje detekciu špecifickej sekvencie DNA na chromozóme pomocou fluorescenčne označených sond, zatiaľ čo CGH uľahčuje detekciu zmien v genomickej DNA. Toto je kľúčový rozdiel medzi FISH a CGH.

referencie:

1. „Hybridizácia fluorescencie v situáciách (FISH)“ Nature News, Nature Publishing Group, k dispozícii tu.
2. Hester, Susan D, a kol. „Porovnanie porovnávacích technológií genómovej hybridizácie naprieč platformami Microarray.“ Journal of Biomolecular Techniques: JBT, Asociácia zariadení pre biomolekulárne zdroje, apríl 2009, k dispozícii tu.

S láskavým dovolením:

1. „Test Multiplex ViewRNA FISH v bunkách Jurkat a HeLa“ od Ryana Jeffsa - vlastná práca (CC BY-SA 3.0) prostredníctvom Commons Wikimedia
2. „Schéma CGH“ Autor: Mbaudis (talk) (uploads) - Vlastné dielo (CC BY 2.5) prostredníctvom Commons Wikimedia