Rozdiel medzi izoláciou genómovej DNA a plazmidovej DNA

kľúčový rozdiel medzi izoláciou genómovej DNA a plazmidovej DNA je to izolácia genómovej DNA sa zameriava na extrakciu genómovej DNA, zatiaľ čo izolácia plazmidovej DNA sa zameriava na extrakciu plazmidovej DNA baktérií.

Izolácia DNA je chemický proces, ktorý sa používa na izoláciu DNA z rôznych druhov alebo z rôznych vzoriek. Izolácia DNA je dôležitá v downstream technikách molekulárnej biológie, ako je gélová elektroforéza, polymerázová reťazová reakcia a techniky sekvenovania DNA. Preto je izolácia DNA nevyhnutným chemickým procesom v molekulárno-biologických štúdiách. Na základe účelu výskumu je niekedy potrebné izolovať genómovú DNA. Niektoré štúdie sa okrem toho zameriavajú na izoláciu plazmidovej DNA z baktérií. Izolácia genómovej DNA je proces izolácie genómovej DNA z prokaryotickej alebo eukaryotickej vzorky. Kroky izolácie sa líšia podľa typu bunky, v ktorej sa izoluje DNA. Izolácia plazmidovej DNA je proces izolácie plazmidovej DNA z bakteriálnej bunky. V porovnaní s izoláciou genómovej DNA je celkový proces izolácie plazmidovej DNA komplexný.

OBSAH

1. Prehľad a kľúčový rozdiel
2. Čo je izolácia genómovej DNA
3. Čo je izolácia plazmidovej DNA
4. Podobnosti medzi izoláciou genómovej DNA a plazmidu DNA
5. Porovnanie bok po boku - izolácia genomickej DNA verzus plazmidová DNA v tabuľkovej forme
6. Zhrnutie

Čo je izolácia genómovej DNA?

Izolácia genómovej DNA je proces extrakcie celej genómovej DNA organizmu. Tento konkrétny proces zahŕňa tri hlavné udalosti. Sú to bunková lýza alebo jadrová lýza, degradácia proteínov alebo proteolýza a precipitácia genómovej DNA. Krok lýzy sa môže líšiť v závislosti od typu bunky. V prokaryotoch, pretože existuje peptidoglykánová bunková stena, prvým krokom by malo byť rozdelenie bunkovej steny. Na druhej strane, v eukaryotoch lyzačný krok zahrnuje rozpad plazmatickej membrány a jadrovej membrány, aby sa DNA odstránila do vonkajšej strany. Na rozdiel od toho sú špeciálne kroky nevyhnutné na lýzu bunkových stien rastlín a húb.

Obrázok 01: Izolácia genómovej DNA

Následne po dokončení lyzačného kroku nakoniec dôjde k supernatantu DNA. Súčasne k degradácii proteínov dochádza tiež v roztoku v dôsledku pridania proteinázy K. Ďalším krokom je separácia genómovej DNA a degradovaných proteínov od seba. Degradované proteíny sa teda oddelia zrážaním, čo umožňuje, aby genómová DNA zostala v supernatante. Po vyzrážaní proteínov sa môže genomická DNA vyzrážať a resuspendovať vo vhodnom tlmivom roztoku, kým to nie je potrebné pre experiment.

Genomická DNA, ktorá je lineárnou DNA, obsahuje všetky genetické informácie o organizme. Inými slovami, genóm je dedičným materiálom živého organizmu, ktorý je zodpovedný za všetky štrukturálne a funkčné aktivity bunky. Pozostáva z kódujúcich aj nekódujúcich sekvencií DNA. Pri izolácii genómovej DNA zahŕňa celý genóm organizmu.

Čo je izolácia plazmidovej DNA?

Izolácia plazmidovej DNA je špeciálny a komplikovanejší proces izolácie DNA. Plazmidy sú extrachromozomálna DNA prítomná vo väčšine bakteriálnych buniek. Sú to spiace cirkulárne DNA, ktoré podporujú prežitie baktérií v drsných podmienkach prostredia. Plazmidová DNA pozostáva zo špeciálnych rezistentných génov, ktoré poskytujú baktériám ďalšie výhody, ako je rezistencia na antibiotiká, virulencia a toxické vlastnosti..

Obrázok 02: Izolácia plazmidovej DNA

Izolácia plazmidovej DNA tiež zahŕňa tri hlavné procesy; bunková lýza, proteinolýza a zrážanie DNA. Hoci biochemický mechanizmus izolácie je podobný mechanizmu izolácie genómovej DNA, proces je zložitejší ako proces. Proces lýzy buniek je najdôležitejším procesom v tomto postupe. A čo je najdôležitejšie, genómová DNA a plazmidová DNA by sa nemali navzájom miešať. Preto oveľa miernejší proces lýzy začleňuje do postupu izolácie plazmidovej DNA. Preto vo väčšine postupov izolácie plazmidovej DNA používa detergent; dodecylsulfát sodný na bunkovú lýzu.

Aké sú podobnosti medzi izoláciou genómovej DNA a plazmidu DNA?

• Izolácia genómovej DNA a plazmidovej DNA sa zameriava na extrakciu DNA organizmu.
• Obidva tiež sledujú rovnaký celkový proces, ktorý zahŕňa lýzu buniek, degradáciu proteínov a zrážanie DNA.
• Výsledná DNA oboch procesov je navyše dôležitá pre následné procesy.
• Okrem toho oba izolačné procesy zahŕňajú kroky na čistenie a skladovanie DNA za špecifikovaných skladovacích podmienok.
• Okrem toho sa proteináza K používa pri obidvoch metódach na degradáciu proteínov.

Aký je rozdiel medzi izoláciou genómovej DNA a plazmidovej DNA?

Izolácia genómovej DNA sa zameriava na extrakciu celej genómovej DNA cieľového organizmu, zatiaľ čo izolácia plazmidovej DNA sa zameriava na izoláciu iba plazmidovej DNA z konkrétneho druhu baktérií. Preto je to kľúčový rozdiel medzi izoláciou genómovej DNA a plazmidovej DNA. Okrem toho je v tomto postupe ďalší rozdiel medzi izoláciou genómovej DNA a plazmidovej DNA. Izolácia genómovej DNA je v porovnaní s izoláciou plazmidovej DNA menej komplikovaným postupom. Preto pri izolácii plazmidovej DNA je potrebné prijať preventívne opatrenia, aby sa zabránilo vzájomnému zmiešaniu genómovej a plazmidovej DNA medzi sebou.

Nižšie uvedená informácia poskytuje ďalšie podrobnosti o rozdiele medzi izoláciou genómovej DNA a plazmidovej DNA.

Zhrnutie - genómová DNA vs. izolácia plazmidovej DNA

Izolácia DNA je dôležitým procesom v technikách molekulárnej biológie. Existujú dva typy DNA, a to genómová DNA a plazmidová DNA (extrachromozomálna DNA). Na základe požiadavky sa niektoré postupy uskutočňovali na izoláciu genómovej DNA, zatiaľ čo niektoré postupy sa zameriavajú na izoláciu iba plazmidovej DNA z baktérií. Kroky zapojené do oboch procesov sa preto od seba mierne líšia. Celkový proces je však v oboch izoláciách rovnaký. Izolovaná DNA oboch procesov má obrovské použitie v následných procesoch, ako sú klonovanie, gélová elektroforéza a polymerázové reťazové reakcie. Na konci protokolu izolácie genómovej DNA sa ako konečný produkt môže izolovať celá genómová DNA organizmu, zatiaľ čo na konci protokolu izolácie plazmidovej DNA sa môže plazmidová DNA príslušnej baktérie izolovať ako konečný produkt. Preto je to rozdiel medzi izoláciou genómovej DNA a plazmidovej DNA.

referencie:

1. „VYLÚČENIE DNA Z BAKTERIE.“ Extrakcia DNA z baktérií. K dispozícii tu 

S láskavým dovolením:

1. „Extrakcia DNA“ od Joo Nath - Vlastné dielo (CC BY-SA 4.0) prostredníctvom Commons Wikimedia 
2. „Plazmidové miniprep“ od Retamy - vlastné dielo (CC BY-SA 4.0) cez Commons Wikimedia