Rozdiel medzi prekladom Nickov a rozšírením primerov

Kľúčový rozdiel - Nick Translation vs Primer Extension
 

Translácia Nicka a predlžovanie priméru sú dve dôležité techniky uskutočňované v molekulárnej biológii. Kľúčový rozdiel medzi prekladom nickov a rozšírením primerov je ten proces translácie nick produkuje značené sondy pre ďalšie hybridizačné techniky zatiaľ čo metóda predlžovania priméru identifikuje špecifickú sekvenciu RNA zo zmesi a odhaľuje informácie o expresii mRNA. Obe techniky majú veľký význam a bežne sa vykonávajú v laboratóriách molekulárneho výskumu.

OBSAH
1. Prehľad a kľúčový rozdiel
2. Čo je to Nick Translation
3. Čo je rozšírenie Primer
4. Porovnanie vedľa seba - Nick Translation vs Primer Extension
5. Zhrnutie

Čo je Nick Translation?

Translácia Nick je dôležitá technika používaná na prípravu značených sond pre rôzne techniky molekulárnej biológie, ako je napríklad prenos, in situ hybridizácia, fluorescenčná in situ hybridizácia atď in vitro metóda značenia DNA. Sondy DNA sa používajú na identifikáciu špecifických sekvencií DNA alebo RNA. Pomocou značenej sondy môžu byť špecifické fragmenty značené alebo vizualizované z komplexnej zmesi nukleových kyselín. Značené sondy sa preto pripravujú s použitím rôznych techník, ktoré sa majú použiť pre rôzne techniky. Translácia Nick je jednou z takých metód, ktorá produkuje značené sondy pomocou enzýmov DNáza 1 a DNA polymeráza 1.

Proces translácie nick začína enzýmovou aktivitou DNázy 1. DNáza 1 zavádza fosfátové esterové väzby medzi nukleotidmi vo fosfátovom základnom reťazci dvojreťazcovej DNA. Po vytvorení nicku sa získa voľná 3 'OH skupina nukleotidu a na ňu bude pôsobiť enzým DNA polymeráza 1. 5 'až 3' exonukleázová aktivita DNA polymerázy 1 odstraňuje nukleotidy z nicku smerom k 3 'smeru DNA reťazca. Súčasne funguje polymerázová aktivita enzýmu DNA polymeráza 1 a pridáva nukleotidy, aby nahradila odstránené nukleotidy. Ak boli nukleotidy značené, nahradenie sa uskutoční značenými nukleotidmi a označí DNA pre identifikáciu. Táto novo syntetizovaná značená DNA sa môže použiť ako sondy v rôznych hybridizačných reakciách v Molecular Biology.

Obrázok 01: Proces prekladu Nick

Čo je rozšírenie Primer?

Predĺženie priméru je technika, ktorá sa používa na nájdenie špecifickej sekvencie RNA zo zmesi RNA a na lokalizáciu 5 'konca transkriptu mRNA. Používa sa tiež na štúdium štruktúry RNA a expresie. Metóda predlžovania primerov sa uskutočňuje so značenými primermi alebo so značenými nukleotidmi. Ak sa použijú značené priméry, vylučuje to potrebu značenia nukleotidov, ktoré sa používajú na syntézu cDNA. V tejto technike je niekoľko krokov. Začína sa extrakciou RNA zo vzorky. Potom sa do zmesi pridá značený oligonukleotidový primer spolu s nevyhnutnými zložkami na syntézu cDNA špecifickej RNA sekvencie. Primerové žíhanie s komplementárnou sekvenciou zo zmesi. Použitím primeru anelovanej sekvencie ako templátu, enzým reverzná transkriptáza syntetizuje komplementárnu DNA (cDNA) RNA sekvencie. Žíhanie priméru a reverzná transkripcia sa vyskytujú iba vtedy, keď je vo vzorke prítomná špecifická RNA sekvencia. Nakoniec, keď sa uskutoční denaturačná gélová elektroforéza, je možné určiť veľkosť RNA sekvencie. Je tiež ľahké nájsť +1 bázu mRNA (miesto začatia transkripcie) pomocou metódy predlžovania priméru. Množstvo mRNA prítomné vo vzorke sa môže kvantifikovať týmto spôsobom, ak sa použije prebytok priméru.

Obrázok 02: Predĺženie základného náteru

Aký je rozdiel medzi Nick Translation a Primer Extension?

Nick Translation vs Primer Extension
Translácia Nick je proces, ktorý vytvára značené DNA sondy pre rôzne hybridizačné reakcie.	Predĺženie priméru je technika používaná na nájdenie špecifickej RNA alebo na štúdium génovej expresie.
Použité enzýmy
Používajú sa enzýmy DNáza 1 a DNA polymeráza.	Používa sa enzým reverznej transkriptázy.
dôležitosť
Nickový preklad uľahčuje označenie špecifickej sekvencie DNA.	Rozšírenie priméru umožňuje detekciu špecifickej veľkosti sekvencie mRNA a množstva prítomného vo vzorke.

Zhrnutie - Nick Translation vs Primer Extension

Translácia Nick je metóda používaná na syntézu značených sond na základe aktivít DNázy 1 a E coli Enzýmy DNA polymerázy 1. Je to in vitro metóda používaná v laboratóriách pred rôznymi hybridizačnými technikami. Počas translácie nicku 5'-3 'exonukleázová aktivita DNA polymerázy 1 odstraňuje nukleotidy pred nick a polymerázová aktivita DNA polymerázy 1 nahrádza odstránené nukleotidy značenými nukleotidmi za nick. Predĺženie priméru je metóda, ktorá sa používa na detekciu špecifického transkriptu RNA zo zmesi a na kvantifikáciu veľkosti a množstva požadovanej RNA. Toto je rozdiel medzi prekladom nickov a rozšírením primérov.

Referencie
1. Reid, Alex. „Nick Translation.“ Springer. N.p., n.d. Web. 18. apríla 2017
2. „Rozšírenie primerov“. Národná diagnostika. N.p., n.d. Web. 19. apríla 2017
3. Kuo, M. T. a W. Plunkett. „Nick-translácia metafázových chromozómov: in vitro značenie oblastí citlivých na nukleázu v chromozómoch.“ Zborník Národnej akadémie vied Spojených štátov amerických. U.S. National Library of Medicine, február 1985. Web. 19. apríla 2017
4. Raymond a kol. „Jednoduchý, kvantitatívny test s extenziou primerov na priame monitorovanie mikroRNA a krátkych interferujúcich RNA.“ RNA. Copyright 2005 by RNA Society, november 2005. Web. 19. apríla 2017

S láskavým dovolením:
1. „Test rozšírenia primeru“ Autor: Jjnmmnjj - Vlastné dielo (CC BY-SA 3.0) prostredníctvom Commons Wikimedia