Rozdiel medzi QTL a GWAS

kľúčový rozdiel medzi QTL a GWAS sa spolieha na typ sekvencií použitých v analýze. QTL používa väzbové génové lokusy na analýzu fenotypových znakov spojených s polygénnou dedičnosťou, zatiaľ čo GWAS používa celé genómové sekvencie na analýzu polymorfizmov jednotlivých nukleotidov konkrétneho stavu..

QTL mapy a GWAS zohrávajú dôležitú úlohu v genetických analýzach rôznych vlastností. Ďalej sú dôležité pri analýze rôznych chorobných stavov s neznámou etiológiou. Okrem toho zohráva sekvencia v oboch technikách kľúčovú úlohu. Tieto techniky môžu byť ďalej spojené s inými vysokovýkonnými technikami na zvýšenie presnosti a presnosti.

OBSAH

1. Prehľad a kľúčový rozdiel
2. Čo je QTL 
3. Čo je GWAS
4. Podobnosti medzi QTL a GWAS
5. Porovnanie vedľa seba - QTL vs GWAS v tabuľkovej forme
6. Zhrnutie

Čo je QTL?

QTL znamená Kvantitatívne zameranie. Je to oblasť DNA spojená s fenotypovou vlastnosťou. Všeobecne QTL vyvoláva polygénne účinky. Distribúcia QTL je rôzna a počet QTL naznačuje stupeň variácie konkrétneho fenotypového znaku. Okrem toho zvyčajne kódujú základné vlastnosti súvislých znakov a nie diskrétne znaky.

Po identifikácii oblastí QTL je dôležité sekvenovať konkrétnu oblasť QTL. Aby sa uľahčili výskumy a výskumy, uskutočňujú sa sekvenovanie a ukladanie sekvenčných údajov spoločných oblastí QTL so zapojením bioinformatík. Túto techniku ​​nazývame QTL mapovanie. Následne sa vytvorí databáza so sekvenciami oblasti QTL.

Obrázok 01: Skenovanie QTL

Ďalej, aplikácie QTL sekvencií sa spoliehajú hlavne na nástroj BLAST, kde je možné určiť sekvenčnú podobnosť. Je dôležité pri odvodzovaní vzťahov medzi organizmami. Ďalej je dôležité pri určovaní zložitosti konkrétneho polygénneho fenotypu. Určuje tiež vývoj konkrétnej vlastnosti.

V súčasnosti je analýza QTL kombinovaná s inými vysokovýkonnými technikami, ako sú DNA microarrays. To je dôležité pri analýze expresie fenotypu. V súčasnosti majú vedci veľký záujem o vývoj databázy QTL, pretože regióny QTL sú zodpovedné za mnoho dôležitých znakov rôznych druhov..

Čo je GWAS?

GWAS znamená Štúdia asociácie genómu. Vzťahuje sa to aj na celé asociačné štúdie genómu. Tieto štúdie sa zameriavajú hlavne na pozorovacie štúdie. Analyzuje genetické varianty rôznych jedincov, ktoré sú zvyčajne spojené so špecifickou črtou. Okrem toho je pre analýzu GWAS dôležitý celý genóm.

Obrázok 02: GWAS

GWAS je dôležitým nástrojom pri analýze polymorfizmov jednotlivých nukleotidov spojených s rôznymi chorobnými stavmi. Toto je tiež porovnávacia štúdia rôznych jednonukleotidových polymorfizmov v širokej populácii. Okrem toho je vzorka štúdie GWAS veľmi vysoká; preto má tiež formu prierezovej kohortovej štúdie.

Ďalej sa uskutočnila prvá štúdia GWAS týkajúca sa infarktu myokardu a analýzy génov spojených s infarktom myokardu. V súčasnosti hrá GWAS dôležitú úlohu pri určovaní genetického pozadia komplexných chorôb s neznámou etiológiou.

Aké sú podobnosti medzi QTL a GWAS?

• Pri analýze sa spoliehajú na údaje o sekvenciách DNA.
• Obidve sú spojené s genetickým pozadím rôznych postáv.
• Okrem toho si na odvodenie a interpretáciu výsledkov vyžadujú nástroje bioinformatiky.
• Vyrábajú sa na veľkých populáciách.

Aký je rozdiel medzi QTL a GWAS?

QTL analyzuje fenotypové vlastnosti spojené s polygénnou dedičnosťou pomocou prepojených génových lokusov, zatiaľ čo GWAS analyzuje polymorfizmy jednotlivých nukleotidov konkrétneho stavu pomocou celých genómových sekvencií. Toto je kľúčový rozdiel medzi QTL a GWAS. QTL mapovanie je pomerne menej komplikovanou technikou ako GWAS, pretože vyžaduje sekvenovanie celého genómu.

Nižšie uvedený infographic sumarizuje rozdiel medzi QTL a GWAS v tabuľkovej forme.

Zhrnutie - QTL vs GWAS

Mapovanie QTL a GWAS hrajú hlavnú úlohu pri určovaní genetického pozadia rôznych fenotypových znakov. Pomáhajú aj pri analýze genetického pozadia rôznych chorôb. Mapovanie QTL mapuje spojovacie gény zodpovedné za kontinuálne znaky a tiež zahŕňa mapovanie polygénnych dedičných génov. GWAS, na druhej strane, prebieha s analýzou celého genómu na polymorfizmy s jedným nukleotidom. Okrem toho sa to deje u väčšej populácie. Toto je zhrnutie rozdielu medzi QTL a GWAS.

referencie:

1. Liu, Ruixian, a kol. „GWAS analýza a identifikácia QTL vlastností vlákien a zložiek výnosu v horskej bavlne pomocou obohatených markerov SNP s vysokou hustotou.“ Frontiers in Plant Science, Frontiers Media S.A., 13. septembra 2018, k dispozícii tu.
2. “GWAS Vs. Qtl Mapping? “ Posledné príspevky, k dispozícii tu.

S láskavým dovolením:

1. „Príklad genómového QTL-skenovania z PLoS Biológie“ autor: Styrkarsdottir U, Cazier JB, Kong A, Rolfsson O, Larsen H, a kol. (2003) Väzba osteoporózy na chromozóm 20p12 a asociácia s BMP2. PLoS Biol 1 (3): e69 (CC BY 2.5) prostredníctvom Commons Wikimedia
2. „Účinky alely choroby GWAS“ od Bush WS a Moore JH - Bush WS, Moore JH (2012) Kapitola 11: Štúdie asociácie genómu. PLoS Comput Biol 8 (12): e1002822. doi: 10.1371 / journal.pcbi.1002822, (CC BY 2.5) prostredníctvom Commons Wikimedia