Rozdiel medzi cielenou a necielenou proteomikou

Kľúčový rozdiel medzi cielenou a nezacielenou proteomikou je, že cielená proteomika sa zameriava na meranie množstva špecifického proteínu, zatiaľ čo nezacielená proteomika sa nezameriava na konkrétny proteín.

Proteomika je rozsiahle štúdium proteínov, ich štruktúr a funkcií. Študuje celý proteínový doplnok v bunke, tkanive alebo organizme za špecifických podmienok. Existujú dva typy proteomiky ako cielená proteomika a necieľová proteomika.

OBSAH

1. Prehľad a kľúčový rozdiel
2. Čo je to cielená proteomika
3. Čo je necielená proteomika
4. Podobnosti medzi cielenou a necielenou proteomikou
5. Porovnanie vedľa seba - cielené vs necielené proteomiky v tabuľkovej forme
6. Zhrnutie

Čo je to cielená proteomika?

Ako už názov napovedá, cielená proteomika zacieľuje špecifický proteín alebo peptid v komplexnej zmesi proteínov na analýzu. Potom analyzuje prítomnosť a množstvo tohto vopred vybraného špecifického proteínu. Táto metóda je možná iba pre jednu vzorku alebo pre viacero vzoriek. Tento spôsob je vhodný dokonca aj pre špecifickú skupinu proteínov. Výsledkom sú presnejšie, kvantitatívne a citlivé údaje. Okrem toho hmotnostná spektrometria spojená s cielenou proteomikou poskytuje presnejšie spoľahlivé merania. Táto metóda používa na svoju analýzu trojitý kvadrupólový hmotnostný spektrometer (QQQ).

Obrázok 01: Proteomika

Cielená proteomika je vhodnou metódou, ak si chcete overiť, či je cieľový knock-down skutočne potlačený alebo ak chcete kvantifikovať konkrétny proteín / peptid v krvnom sére, mozgovej tekutine alebo v bunkovom lyzáte atď. Môžete ho tiež použiť, ak chcete aby sa skontrolovalo, či sa konkrétny proteín odlišne exprimuje vo vzorkách alebo počas experimentu s časovým priebehom.

Čo je to Untargeted Proteomics?

Nezacielená proteomika, ako už názov napovedá, nie je pre svoju analýzu zameraná na špecifický proteín alebo peptid. Objavte proteomiku je iný názov pre necieľovú proteomiku. V skutočnosti je to „globálnejšia“ analýza. Všeobecne platí, že vykonávaním nezacielených proteomík je zodpovedať otázku „aký proteín alebo proteíny sú v tejto vzorke alebo vo viacerých vzorkách?“. Táto metóda nie je citlivá ako cielená proteomika. Môže však identifikovať a merať veľa proteínov vrátane nových proteínov. Necielené proteomiky môžu produkovať kvantitatívne aj kvalitatívne merania.

Aké sú podobnosti medzi cielenou a necielenou proteomikou?

• Cielené aj necielené proteomiky merajú proteíny vo vzorkách.
• Sú dôležité pri analýze proteómu.
• Tieto metódy používajú hmotnostnú spektrometriu.

Aký je rozdiel medzi cielenou a necielenou proteomikou?

Po prvé, cielená proteomika je stanovenie prítomnosti a množstva konkrétneho proteínu alebo peptidu v komplexnej zmesi proteínov. Naopak, necielená proteomika je kvantitatívne a kvalitatívne štúdium proteínov prítomných vo vzorke alebo vzorkách bez zacielenia na konkrétny proteín. Cielená proteomika sa uskutočňuje s vopred vybranými alebo cielenými proteínmi, zatiaľ čo sa nezacieľujú proteomiky, aby sa zistili typy proteínov v tejto vzorke. Okrem toho je cielená proteomika citlivejšia ako necielená proteomika.

Zhrnutie - cielené a necieľové proteomiky

Stručne povedané, cielená a nezacielená proteomika sú dva typy proteínových štúdií. Ako naznačujú ich názvy, cielená proteomika sa zameriava na špecifický proteín, zatiaľ čo nezacielená proteomika sa nezameriava na konkrétny proteín. Toto je rozdiel medzi cielenou a nezacielenou proteomikou.

referencie:

1. „Cielená proteomika“. Proteomické jadro UC Davis, dostupné tu.
2. „Proteomika / Úvod do proteomiky“. Hudobné teórie / režimy - Wikibooky, Otvorené knihy pre otvorený svet, k dispozícii tu.

S láskavým dovolením:

1. “Proteomika” od Xxl7441 v anglických wikibookoch - prevedená z en.wikibookov na Commons (Public Domain) cez Commons Wikimedia