Brainstem je vysoko organizovaná stredná štruktúra, ktorá funkčne spája mozgovú kôru s miechou. Zahŕňa iba 2,5% celého mozgu, ale slúži dôležitej funkcii, ktorá je nevyhnutná pre prežitie človeka. Jeho kľúčové vitálne funkcie sú kontrola dýchania, krvného tlaku a pulzu. Je tiež súčasťou systému, ktorý je zodpovedný za vedomie. Je to priechod senzorických a motorických nervových vlákien inervujúcich rôzne časti tela. Skladá sa z troch štruktúr, menovite stredného mozgu, poníka a medully. Midbrain sa označuje ako horný mozgový kmeň. Dolné mozgové kmene tvoria pons a medulla. Dôležité zmyslové, motorické a zmiešané nervy vznikajú z mozgového kmeňa, ktorý nakoniec vychádza z lebky, aby dosiahol svoj cieľový orgán.
Pons pochádza z latinského jazyka, čo doslova znamená „most“. Obsahuje niekoľko nervových vodivých vlákien, ktoré sú nasmerované pozdĺžne, priečne a dozadu, aby dodávali nervové impulzy do okolitých štruktúr. Rybníky sa nachádzajú medzi stredným mozgom a drôtenkou oblongata. Za tým je mozoček. Hrubo sa vyznačuje dvoma cibuľovitými štruktúrami, ktoré sa nazývajú vynikajúci a stredný mozgový stopka. Tieto stopky spájajú pontinálnu časť mozgového kmeňa s mozočkom, čo je nervová štruktúra, ktorá je potrebná pre normálnu chôdzu a rovnováhu..
Z poníkov vychádzajú štyri dôležité hlavové nervy, a to vestibulocochlear nerv (8. kraniálny nerv), tvárový nerv (7. kraniálny nerv), abducénny nerv (6. kraniálny nerv) a trigeminálny nerv (5. kraniálny nerv). Vestibulocochlear nerv prenáša nervové impulzy do ucha pre sluchové funkcie. Je tiež dôležité pre získanie pocitu rovnováhy. Rybníky tiež obsahujú nervovú štruktúru nazývanú „olivový komplex“, ktorá umožňuje dobrú lokalizáciu v priestore a zníženie hluku. Je to špeciálna nervová štruktúra pre sluch. Faciálny nerv vysiela motorické impulzy do tvárových svalov, čo ľuďom umožňuje mať výrazy tváre. Poskytuje tiež chuťový vkus predným dvom tretinám jazyka, uľahčuje slzenie a slinenie. Abducénny nerv reguluje svaly oka, ktoré sú zodpovedné za pohľad zboku. Trendeminálny nerv prenáša zmyslovú funkciu na tvár. Poskytuje tiež motorickú funkciu pre žuvacie svaly, ktoré umožňujú žuvanie.
Medulla oblongata je najnižšia časť mozgového kmeňa. Nachádza sa na úrovni foramen magnum, ktoré je zadným otvorom lebky. Hrubo to vyzerá ako jemné zväčšenie hornej časti miechy s priemerom 1 cm a dĺžkou 2,5 cm. Vyznačuje sa dvoma odlišnými prevýšeniami. Prvá významná štruktúra sa nazýva medulárne pyramídy. Jedná sa o nervové vlákna, ktoré poskytujú motorickú funkciu, ktorá zostupuje z mozgovej kôry dole do miechy. Je zaujímavé, že v mozgovom kmeni tieto nervové vlákna prechádzajú na druhú stranu v úrovni drene oblongata. Preto sú medulárne pyramídy známe aj ako pyramídové rozklady. To má dôležité klinické dôsledky, pretože to vysvetľuje, prečo sa mozgová príhoda na pravej strane mozgovej hemisféry prejavuje slabosťou alebo paralýzou ľavej strany tela. Hrubým spôsobom je ďalšou výraznou vypuklinou dolné olivové jadro, ktoré spája drieň s mozočkom..
Na rozdiel od poníkov, hlavovými nervami, ktoré sa vynárajú z drene, sú glosofaryngeálny nerv (9. kraniálny nerv), vagusový nerv (10. kraniálny nerv), spinálny vedľajší nerv (11. kraniálny nerv) a hypoglossálny nerv (12. kraniálny nerv). Glossofaryngeálny nerv slúži na zabezpečenie pocitu chuti na zadnej časti jazyka a aktivuje faryngálne svaly, ktoré pomáhajú pri prehĺtaní. Vagusový nerv je autonómny nerv, ktorý má najdlhší priebeh. Prechádza od hltanu dole k slezinovej flexii hrubého čreva. Pomáha aktivovať svaly pri prehĺtaní a telefonovaní. Umožňuje normálne fungovanie hrudníka a brušných orgánov. Vagusový nerv je zodpovedný aj za reflex roubíka, ktorý sa dá vyvolať hladením zadnej časti jazyka alebo stien hltanu. Miechový vedľajší nerv poskytuje do nervu vagus ďalšie nervové vlákna. Pomáha otáčať hlavou a pokrčiť plecami aktivovaním príslušných svalov. Hypoglossálny nerv uľahčuje prehĺtanie tým, že umožňuje dobrovoľný pohyb jazyka. Motorické nervy, ktoré inervujú vitálne orgány, pochádzajú z drene oblongata. Príkladom je kardiovaskulárne centrum, ktoré je zodpovedné za kontrakciu srdcového svalu, čo nám umožňuje mať stabilný krvný tlak a pulz. Vazomotorické centrum reguluje distenzáciu stien krvných ciev. Dýchacie centrum je zodpovedné za kontrolu niekoľkých aspektov dýchania, ako je hĺbka, rýchlosť a rytmus, tiež sídli v drene. Medúlou prechádzajú aj ďalšie reflexné centrá, ktoré sprostredkúvajú zvracanie, kašeľ, kýchanie, prehĺtanie a čkanie..
V rámci dolného mozgového kmeňa sú poníky aj medulla oblongata dôležitými nervovými štruktúrami s výraznými anatomickými vlastnosťami a fyziologickými funkciami. Rybníky sa nachádzajú nad úrovňou medully. Obsahuje nervy dôležité pre sluch, rovnováhu, pohyb svalov tváre, žuvanie a pozeranie do strán. Meduľa sa nachádza nižšie, tesne nad miechou. Obsahuje nervové štruktúry, ktoré sú životne dôležité pre udržanie ľudského života. Uľahčuje prehĺtanie, hovorenie, otočenie hlavy a pokrčenie ramien.