Veľkosť prokaryotických buniek je zvyčajne v priemere 0,2 až 2,0 mikrometra, zatiaľ čo eukaryotická bunka má priemer 10 až 100 mikrometrov.
Eukaryoty sa nazývajú „skutočné jadro“, pretože obsahujú jadrá viazané na membránu a skladajú sa z iných organel, ako sú lyzozómy, Golgiho komplex, endoplazmatické retikulum, mitochondrie a chloroplasty, zatiaľ čo prokaryoty nemajú jadrovú membránu alebo iné organely uzavreté v membráne..
V prokaryotoch je bičík vyrobený z dvoch proteínových stavebných blokov; a bunková stena je chemicky zložitá a je vyrobená z peptidoglykánu (jedného veľkého polyméru aminokyselín a cukru), zatiaľ čo bičík eukaryot je komplexnejší s viacerými mikrotubulami a keď sú prítomné bunkové steny, sú chemicky jednoduché.
V prokaryotoch dochádza k bunkovému deleniu binárnym štiepením a neuskutočňuje sa žiadna meióza, ale len konjugácia fragmentov DNA nastáva. Bunkové delenie v eukaryotoch sa vyskytuje prostredníctvom mitózy a sexuálna reprodukcia sa vyskytuje prostredníctvom meiózy.
Plazmatická membrána v eukaryotoch pozostáva zo sterolov a uhľohydrátov. Cytoplazma pozostáva z cytoskeletónov a je prítomný cytoplazmatický tok. Ribozómy sú väčšie (80S) a menšie (70S) a chromozómy sú mnohonásobne a lineárne usporiadané s histónmi. DNA eukaryot je oveľa komplexnejšia ako DNA prokaryot.
V prokaryotoch plazmatická membrána neobsahuje sacharidy alebo steroly. Cytoplazma nemá cytosketeton ani cytoplazmatický tok. Ribozómy sú menšie (70S) a majú jediný kruhový chromozóm, ktorý neobsahuje históny.