Fat32 a NTFS boli vytvorené na sledovanie všetkých súborov na pevnom disku. Fat (File Allocation System), ktorý vytvorili Bill Gates a Marc McDonald, je starší z týchto dvoch a od svojho prvého objavenia v roku 1977 prešiel mnohými zmenami. Číslo udáva počet bitov potrebných na sledovanie súbory. Fat16 bol štandardom už dosť dlho, kým na trh neprišiel pevný disk s kapacitou vyššou ako 4 GB, kedy bol Fat32 vytvorený.
Na druhej strane sa súborový systém NTFS zrodil zo súborového systému HPFS, ktorý používa OS / 2, spolupráca spoločností IBM a Microsoft. Keď dohoda neprošla, niektoré funkcie v systéme HPFS sa objavili v systéme NTFS, keď sa objavili pre platformu Windows NT. Odvtedy bol vyvinutý a objavuje sa v novšej verzii systému Windows ako XP, Vista a čoskoro bude uvedený na trh Windows 7. Microsoft je držiteľom patentu na NTFS, a preto nezverejňuje žiadne podrobnosti týkajúce sa systému súborov, ktorý vytvára iba jednotky NTFS. čitateľné pre systémy Windows po dlhú dobu, aj keď už existujú niektoré linuxové implementácie, ktoré sú schopné pristupovať k jednotkám NTFS, ale bez významných funkcií.
Fat32 je veľmi zjednodušený systém bez chmýří, ktorý je tiež veľmi zdokumentovaný. Skutočne to nerobí nič okrem sledovania toho, kde sa súbory nachádzajú. To je dôvod, prečo sa stal súborovým systémom pre väčšinu prenosných pamäťových médií, ako sú flash disky, prehrávače mp3 a pamäťové karty.
Systém súborov NTFS je úplne opačný a ponúka viac vylepšení, ktoré nielen zlepšujú jeho výkon, ale aj jeho bezpečnosť. Jedným z nich je priehľadná kompresia súboru, ktorá automaticky komprimuje súbor pri jeho zápise na disk. Mohlo by to potenciálne uvoľniť miesto na disku, ale načítanie súborov môže nejaký čas trvať. Ďalšou z nich sú diskové kvóty, kde správca systému môže určiť, koľko disku môže určitý užívateľ použiť.
Výber medzi súborovými systémami NTFS a FAT32 je pomerne ľahká úloha. Jednoducho povedané, NTFS je lepšou možnosťou, keď ju chcete nasadiť v počítačovom systéme Windows. Nielen kvôli zlepšeniu rýchlosti, ale aj kvôli viacerým funkciám. Pre prenosné médiá sa to však neodporúča, pretože väčšina zariadení a iných operačných systémov má problémy alebo nemá priamy prístup k jednotkám NTFS..