Rozdiel medzi AFLP a RFLP

Kľúčový rozdiel - AFLP verzus RFLP
 

Štúdie DNA majú obrovský význam pri porozumení a určovaní fylogenetických vzťahov, diagnostike genetických chorôb a mapovaní genómov organizmu. Na identifikáciu konkrétneho génu alebo sekvencie DNA v skupine neznámych DNA sa tiež používa niekoľko techník spojených s analýzou DNA. Sú známe ako molekulárne markery. Polymorfizmus s amplifikovanou dĺžkou fragmentu (AFLP) a Polymorfizmus dĺžky fragmentov (RFLP) sú dva také molekulárne markery (metódy) vyvinuté v molekulárnej biológii na detekciu genetických variácií medzi organizmami. Obidve metódy sú rovnako dôležité a majú výhody a nevýhody. Kľúčový rozdiel medzi AFLP a RFLP je ten AFLP zahŕňa selektívnu PCR amplifikáciu štiepenej DNA, zatiaľ čo RFLP nezahŕňa selektívnu PCR amplifikáciu fragmentov DNA.

OBSAH
1. Prehľad a kľúčový rozdiel
2. Čo je AFLP
3. Čo je to RFLP
4. Porovnanie bok po boku - AFLP vs RFLP
5. Zhrnutie

Čo je AFLP?

AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) je dôležitým nástrojom v molekulárnej biológii a je široko používaný v analýze genetických variácií. AFLP je založená na špecifickej PCR amplifikácii fragmentovanej genómovej DNA a detekcii polymorfizmu autorádiografmi gelovou elektroforézou. AFLP vo veľkej miere prispieva k identifikácii genetických rozdielov v kmeňoch alebo príbuzných druhoch rôznych kráľovstiev vrátane rastlín, zvierat, baktérií a húb. AFLP sa môže uskutočňovať s malým množstvom neznámych vzoriek DNA. Nevyžaduje si predchádzajúce znalosti sekvencie a navrhovanie sond.

Kroky AFLP

1. Izolácia DNA
2. Štiepenie DNA reštrikčnými endonukleázami
3. Ligácia obmedzených fragmentov DNA pomocou adaptérov
4. Selektívna amplifikácia fragmentov so špecifickými reštrikčnými miestami
5. Separácia produktov PCR gélovou elektroforézou
6. Vizualizácia gélovej matrice autorádiografom

AFLP je citlivejšia a reprodukovateľnejšia metóda, ktorá sa môže použiť pri profilovaní DNA niekoľkých taxónov vrátane húb, baktérií, rastlín a živočíchov bez predchádzajúcej znalosti sekvencií DNA. Pomáha pri zisťovaní nepatrných rozdielov medzi jednotlivcami v populáciách z dôvodu jeho veľmi citlivej povahy. AFLP je dôležitá aj pri mapovaní genómu, forenzných štúdiách, testovaní rodičov, genotypizácii atď.

Obrázok 01: AFLP

Čo je to RFLP?

Polymorfizmy s obmedzenou dĺžkou fragmentu (RFLP) je technika, ktorá sa používa na detekciu genetických variácií v homológnych sekvenciách DNA. Je to prvá metóda vyvinutá na profilovanie DNA. Organizmy majú jedinečné odtlačky prstov alebo profily DNA. RFLP slúži ako dôležitý nástroj na analýzu variácie medzi profilmi DNA intrašpecifických alebo úzko príbuzných organizmov, pretože homológne sekvencie majú rôzne reštrikčné miesta (miesta), ktoré sú jedinečné pre konkrétny organizmus. Ak sa homológna DNA štiepi špecifickými reštrikčnými endonukleázami, výsledkom budú rôzne profily DNA, ktoré sú jedinečné pre každého jednotlivca. Princíp tejto metódy je preto detekcia genetickej variácie medzi organizmami obmedzením homológnej DNA špecifickými reštrikčnými enzýmami a analýza polymorfizmu dĺžky fragmentu pomocou gélovej elektroforézy a blotovania. Vzory blotovania sú jedinečné pre každý organizmus a charakterizujú špecifické genotypy.

Kroky RFLP

1. Izolácia dostatočného množstva DNA zo vzoriek
2. Fragmentácia vzoriek DNA so špecifickými reštrikčnými endonukleázami na krátku sekvenciu
3. Separácia výsledných fragmentov s rôznymi dĺžkami elektroforézou na agarózovom géli.
4. Preneste gélový profil na membránu pomocou Southern blottingu

5. Hybridizácia membrány so značenými sondami a analýza polymorfizmu dĺžky fragmentu v každom profile

RFLP je veľmi dôležitá technika pri zisťovaní dedičnosti choroby a zisťovaní rizika výskytu choroby medzi členmi rodiny. RFLP sa tiež často používa pri mapovaní genómu, pri identifikácii zločincov vo forenznom testovaní, testovaní otcovstva atď. RFLP má tiež niekoľko obmedzení. RFLP vyžaduje predchádzajúcu znalosť sekvenčných údajov na navrhovanie sond pre hybridizáciu. Vyžaduje tiež izoláciu dostatočného množstva DNA zo vzorky na analýzu, čo je ťažké v forenzných štúdiách.

Obrázok 01: Mapovanie RRFLP

Aký je rozdiel medzi AFLP a RFLP?

ALFP vs RFLP
AFLP zahŕňa selektívnu PCR amplifikáciu štiepenej DNA.	RFLP nezahŕňa PCR, pokiaľ nejde o PCR-RFLP.
Znalosť sekvencie
Znalosť predchádzajúcej postupnosti sa nevyžaduje.	Na navrhnutie sond RFLP sa vyžaduje znalosť predchádzajúcej sekvencie.
Spoľahlivosť
Toto je spoľahlivejšie.	To je v porovnaní s AFLP menej spoľahlivé.
Účinnosť pri odhaľovaní polymorfizmu
To má vyššiu účinnosť pri detekcii polymorfizmu ako RFLP.	To je v porovnaní s AFLP menej efektívne.
náklady
V porovnaní s RFLP je to trochu drahé.	To je lacnejšie v porovnaní s AFLP.
aplikácia
AFLP sa použili na mapovanie genómu, odoberanie DNA, štúdie genetickej diverzity, testovanie otcovstva a forenznú analýzu.	RFLP analýza je dôležitým nástrojom pri mapovaní genómu, lokalizácii génov pre genetické poruchy, určovaní rizika ochorenia a testovaní otcovstva..

Zhrnutie - AFLP vs RFLP

AFLP a RFLP sú dve techniky používané ako genetické markery na hodnotenie diverzity a hodnotenie genetických vzťahov v molekulárnej biológii. AFLP slúži ako účinná a citlivá metóda na detekciu genetického polymorfizmu medzi organizmami ako RFLP. Aj keď obidve tieto metódy majú rôznu účinnosť pri zisťovaní genetických variácií, stále sa používajú na odoberanie DNA a diagnostiku chorôb..

referencie:
, 1. Garcia, Antonio A. F., Luciana L. Benchimol, Antônia M. M. Barbosa, Isaias O. Geraldi, Souza Jr. Cláudio L. a Anete P. De Souza. „Porovnanie markerov RAPD, RFLP, AFLP a SSR pre štúdie diverzity v inbredných líniách tropickej kukurice.“ Genetika a molekulárna biológia. Sociedade Brasileira de Genética, 2004. Web. 19. marca 2017
2. „Polymorfizmus dĺžky reštrikčných fragmentov (RFLP).“ Národné centrum pre biotechnologické informácie. U.S. National Library of Medicine, n.d. Web. 19. marca 2017
3. Masiga D. K. a Turner C. M. (2004). „Amplifikovaná (reštrikčná) analýza dĺžky polymorfizmu fragmentu (AFLP)“. Methods Mol Biol: 270: 173-86. NCBI. Web. 19. marca 2017

S láskavým dovolením:
1. „ALFP“ Barbarossa na holandskej Wikipédii - prevedené z nl.wikipedia na Commons. (Public Domain) prostredníctvom Commons Wikimedia
2. „Mapovanie RFLP“ autorom Retama - vlastná práca (GFDL) prostredníctvom Commons Wikimedia