Rozdiel medzi sekvenovaním exómu a RNA

Kľúčový rozdiel - sekvenovanie Exome vs RNA
 

Sekvenovanie nukleových kyselín je technika, ktorá určuje poradie nukleotidov v konkrétnom fragmente DNA alebo RNA organizmu. Sekvenovanie je dôležité pri identifikácii zloženia buniek DNA a RNA a pri rozlišovaní určitých génov kódujúcich funkčné proteíny; teda sekvenovanie sa môže použiť na pochopenie mutácií týchto génov a génových expresií. Metóda sekvenovania Sanger alebo pokročilejšie metódy sekvencovania budúcej generácie sú metódy sekvenovania, ktoré sa bežne používajú. Exómové sekvenovanie je sekvenovanie kompletnej sady exónov alebo kódujúcich oblastí DNA prítomných v organizme, zatiaľ čo sekvenovanie RNA je postupnosť ribonukleových kyselín (RNA).. Toto je kľúčový rozdiel medzi sekvenovaním exómu a RNA.

OBSAH

1. Prehľad a kľúčový rozdiel
2. Čo je Exome Sequencing
3. Čo je to sekvenovanie RNA
4. Podobnosti medzi sekvenovaním exómu a RNA
5. Porovnanie bok po boku - sekvenovanie Exome vs RNA v tabuľkovej forme
6. Zhrnutie

Čo je Exome Sequencing?

Exome je podskupina genómu, ktorá pozostáva z kódujúcich génov konkrétneho organizmu. Kódujúce gény sú pomenované ako exóny a sú transkribované do mRNA a potom translatované do aminokyselinových sekvencií. Počas post-transkripčných modifikácií mechanizmus zostrihu RNA v eukaryotoch odstraňuje intróny (nekódujúce oblasti) a exóny zostávajú. Existujú dve hlavné techniky, pri ktorých sa vykonáva exome sekvenovanie: založené na riešení a na poli.

Pri exómovom sekvenovaní na báze roztoku sa vzorky DNA fragmentujú pomocou reštrikčných enzýmov alebo mechanickou metódou a denaturujú sa teplom. V tejto technike sa biotinylované oligonukleotidové sondy (návnady) používajú na selektívnu hybridizáciu s cieľovými oblasťami v genóme. Na väzbový krok sa používajú magnetické guľôčky streptavidínu. Po naviazaní nasleduje premývací krok, pri ktorom sa nenaviazané a necieľové sekvencie vymývajú. Naviazané ciele sa potom amplifikujú pomocou polymerázovej reťazovej reakcie (PCR) a potom sa sekvenujú pomocou Sangerovho sekvencovania alebo techniky nasledujúcej generácie.

Obrázok 01: Presné sekvenovanie

Metóda založená na poli je tiež podobná metóde založenej na roztoku, s tou výnimkou, že fragmenty DNA sú zachytené do mikročipu a potom nasleduje väzba a premývacie kroky pred ich sekvencovaním..

Exome sekvenovanie sa používa v mnohých aplikáciách, ako je genetická diagnostika chorôb, pri génovej terapii, pri identifikácii nových genetických markerov, v poľnohospodárstve na identifikáciu rôznych prospešných agronomických znakov a pri postupoch šľachtenia rastlín..

Čo je to sekvenovanie RNA?

RNA sekvenovanie je založené na transkripte, ktorý je úplným prepisom bunky. Kľúčovými cieľmi sekvenovania RNA je katalogizácia všetkých druhov transkriptu vrátane mRNA, nekódujúcej RNA a malej RNA, stanovenie transkripčnej štruktúry génov a kvantifikácia hladín expresie každého transkriptu počas vývoja. Počas sekvenovania RNA sa na sekvenovanie pôvodne používali hybridizačné technológie (ktoré boli komplementárnou DNA získanou zo zrelých sekvencií mRNA). V súčasnosti sa na sekvenovanie RNA používa presnejšia a pokročilejšia technika postupovania.

Obrázok 02: Sekvenovanie RNA

Pri sekvenovaní RNA sa vzorka RNA, ktorou môže byť celková RNA alebo frakcionovaná RNA, prevedie na svoju komplementárnu DNA (cDNA) pomocou reverznej transkripcie a pripraví sa cDNA knižnica. Každý fragment cDNA je pripojený k adaptérom na oboch stranách (párovanie koncových sekvencií) alebo na jednej strane (sekvenovanie jedného konca). Tieto značené sekvencie sa sekvenujú pomocou Sangerovho sekvencovania alebo nasledujúcej generácie, napríklad exómového sekvencovania.

Aké sú podobnosti medzi exome a sekvenovaním RNA?

• Na sekvenovanie Exome alebo RNA sa môžu použiť krátke vybrané fragmenty alebo celá sada DNA / RNA.
• Sekvenované fragmenty sa uchovávajú v knižniciach.
• Môže sa použiť Sangerove sekvenovanie alebo Next Generation sekvenovanie.
• Obidva sú in vitro sekvenčné metódy.
• Sekvenované fragmenty sa môžu určiť pomocou fluorescenčných značiek.

Aký je rozdiel medzi sekvenovaním exómu a RNA?

Sekvenovanie Exome vs RNA
Sekvencia exómu je sekvenovanie kompletnej sady exónov alebo kódujúcich oblastí DNA prítomných v organizme.	RNA sekvenovanie sa týka postupu sekvenovania ribonukleových kyselín (RNA); transkriptóm.
Počiatočná vzorka
Genomická DNA je východiskovou vzorkou exómového sekvenovania.	RNA je východiskovou vzorkou sekvenovania RNA.
zloženie
Toto obsahuje iba kódujúce oblasti celkovej DNA známe ako Exóny	Toto obsahuje RNA-mRNA / transkriptóm.
sekvenovania
Existujú dve hlavné metódy exome sekvenovania; technológie založené na riešení a na poli.	RNA sekvenovanie sa uskutočňuje prostredníctvom prípravy knižnice cDNA extrahovaním celkovej RNA alebo fragmentovanej RNA.

Zhrnutie - Exome vs RNA Sequencing

Exome je kompletný súbor kódujúcich oblastí organizmu a techniky zapojené do stanovovania presného poradia nukleotidov Exome sú známe ako sekvenovanie exómu. RNA sekvenovanie je technika, ktorá sa podieľa na stanovení poradia nukleotidov RNA organizmu. Toto je rozdiel medzi sekvenovaním exómu a RNA.

Stiahnite si PDF verziu Exome vs RNA Sequencing

Môžete si stiahnuť verziu tohto článku vo formáte PDF a použiť ju na účely offline podľa citácie. Stiahnite si verziu PDF tu Rozdiel medzi sekvenciami Exome a RNA

Referencie:

1.Wang, Zhong a kol. „RNA-Seq: revolučný nástroj pre transkriptómiu.“ Recenzie prírody. Genetics, U.S. National Library of Medicine, január 2009, k dispozícii tu. Prístup k 3. septembru 2017.
2.Warr, Amanda a kol. „Presné sekvenovanie: súčasné a budúce vyhliadky.“ G3: Gény | Genomy | Genetika, Genetics Society of America, august 2015, k dispozícii tu. Prístup k 3. septembru 2017.

S láskavým dovolením:

1. „Pracovný postup s presnosťou niekoľkých krokov 1a“ od Malachiáša Griffitha, Jasona R. Walkera, Nicholasa C. Spiesa, Benjamina J. Ainscougha, Obi L. Griffitha (CC BY 2.5) prostredníctvom Commons Wikimedia.
2. “Journal.pcbi.1004393.g002” Autor SarahKusala - Vlastné dielo (CC BY 3.0) prostredníctvom Commons Wikimedia