Rozdiel medzi exome a transkriptom

Kľúčový rozdiel - Exome vs Transcriptome
 

Gén obsahuje v ňom kódujúce a nekódujúce oblasti. Kódujúce sekvencie sú známe ako exóny a nekódujúce sekvencie sú známe ako intróny. Nukleotidová sekvencia exónov génu predstavuje genetický kód génu na syntézu špecifického proteínu. Preto exóny zostávajú v molekule mRNA. Celková oblasť exónu genómu je známa ako exóm a je dôležitou súčasťou genómu. Genetický kód génov sa prevádza na genetický kód molekuly mRNA, ktorý je potrebný na produkciu proteínu. Celé molekuly mRNA transkribované v bunke alebo v populácii buniek sú známe ako transkriptóm. Kľúčový rozdiel medzi exome a transkriptom je v tom Exóm predstavuje sekvencie exónových oblastí genómu zatiaľ čo transkriptóm predstavuje celkovú mRNA bunky alebo tkaniva v danom čase.

OBSAH
1. Prehľad a kľúčový rozdiel
2. Čo je Exome
3. Čo je transkriptóm
4. Porovnanie vedľa seba - Exome vs Transcriptome
5. Zhrnutie

Čo je Exome?

Gény sa skladajú z exónov, intrónov a regulačných sekvencií. Exóny sú génové oblasti, ktoré sú počas transkripcie transkribované do sekvencie mRNA. Počas transkripcie sa odstránia intróny a ďalšie nekódujúce oblasti. Nukleotidová sekvencia exónov určuje genetický kód génu, ktorý syntetizuje špecifický proteín, ktorý kóduje. V mRNA proteínu zostávajú iba exóny. Zbierka exónov v genóme je známa ako exóm organizmu. Predstavuje časť genómu, ktorá je exprimovaná v génoch. U ľudí predstavuje exóm 1% z genómu. Je to proteín kódujúci časť ľudského genómu.

Obrázok 01: Exome

Čo je transkriptóm?

Transkriptóm je súbor všetkých proteínových a nekódujúcich transkriptov (RNA) v danom tkanive. Transkriptóm predstavuje súbor celkových molekúl mRNA exprimovaných génmi v bunke alebo tkanive. Transkriptóm bunky sa môže meniť s transkriptom iného typu bunky. Prepis je tiež dynamický - mení sa s časom v reakcii na vnútorné aj vonkajšie podnety. Aj v rovnakom tkanive alebo v rovnakom type bunky sa transkriptóm môže po niekoľkých minútach zmeniť.

Transkriptóm sa líši od exómu organizmu. Transkriptóm obsahuje iba exprimované exómové sekvencie. Hoci exóm bunky zostáva rovnaký, transkriptóm sa medzi bunkami líši, pretože génová expresia nie je rovnaká pre všetky bunky alebo tkanivá. V rôznych bunkách a tkanivách sú exprimované iba esenciálne gény. Génová expresia je proces špecifický pre tkanivo alebo bunku. Je regulovaná rôznymi faktormi vrátane faktorov životného prostredia. Preto sa transkriptóm môže líšiť v závislosti od vonkajších podmienok prostredia.

Transkriptóm sa používa ako prekurzor proteomických štúdií. Všetky proteíny sú odvodené zo sekvencií mRNA. Translačné modifikácie môžu viesť k zmenám proteínov. Transkriptóm však poskytuje dôležité základné informácie pre proteomické štúdie.

Obrázok 02: Transcriptóm embryonálnych kmeňových buniek

Aký je rozdiel medzi Exome a Transcriptome?

Exome vs transkriptóm
Exome je zbierka proteínov kódujúcej oblasti génov.	Transkriptóm je súbor všetkých transkribovaných RNA vrátane mRNA.
vzorka
Exome sa študuje pomocou vzorky DNA.	Transcriptóm sa študuje pomocou vzorky RNA.
Študijná metóda
Celé exome sekvenovanie je metóda štúdia exómu.	RNA sekvenovanie je metóda štúdia transkriptu.

Zhrnutie - Exome vs Transcriptome

Exóny sú kódujúce sekvencie génov a určujú mRNA sekvencie proteínov. Súbor týchto kódujúcich sekvencií (exónov) je známy ako exóm organizmu. Gény sa pred výrobou proteínov transkribujú na molekuly mRNA. Celková molekula mRNA bunky alebo tkaniva v ktoromkoľvek danom čase je známa ako transkriptóm. Transkriptóm predstavuje gény, ktoré sa v ľubovoľnom čase aktívne exprimujú do mRNA. Transkriptóm je špecifický pre bunky a tkanivá a ovplyvňuje podmienky prostredia. Toto je rozdiel medzi exome a transkriptom.

Referencie:
1. Sarah a kol., „Cielené zachytávanie a masívne paralelné sekvenovanie dvanástich ľudských exómov“. Nature. US National Library of Medicine, 10. septembra 2009. Web. 01. apríl 2017
2.Mutz a kol. „Analýza transkriptómu pomocou sekvenovania novej generácie.“ Elsevier: Vyhľadávač článkov. N.p., september 2012. Web. 01. apríl 2017

S láskavým dovolením:
1. „Transkriptóm pluripotentných buniek“ Grskovic, M. a Ramalho-Santos, M., pluripotentný transkript, 10. októbra 2008, StemBook, ed. Komunita pre výskum kmeňových buniek, StemBook, doi / 10,3824 / stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. - [1] DirectStemBook Obrázok 2 Transkriptóm pluripotentných buniek. Grskovic, M. a Ramalho-Santos, M., pluripotentný transkript (10. októbra 2008), StemBook, ed. Komunita pre výskum kmeňových buniek, StemBook, doi / 10,3824 / kmeňová kniha.1.24.1 (CC BY 3.0) prostredníctvom Commons Wikimedia.