Rozdiel medzi hierarchickou a celou genómovou brokovnicou

kľúčový rozdiel medzi hierarchickým a celkovým genómovým sekvencovaním brokovníc je to pri hierarchickom sekvencovaní brokovnice je genóm pred sekvencovaním rozdelený na väčšie fragmenty, zatiaľ čo pri sekvencovaní celého genómu brokovnica je celý genóm rozdelený na malé fragmenty na sekvenovanie..

Sekvenovanie je dôležitou technikou v molekulárnych procesoch, najmä pri presnej identifikácii druhov. V skutočnosti ide o techniku ​​identifikácie presného poradia nukleotidov v géne alebo genóme. Existuje veľa techník sekvencovania. Medzi ne patrí Maxam Gilbertova metóda, Sangerova metóda a automatizovaná Sangerova metóda.

OBSAH

1. Prehľad a kľúčový rozdiel
2. Čo je hierarchické brokovnice
3. Čo je sekvenovanie brokovnice celého genómu
4. Podobnosti medzi hierarchickou a celou genómovou brokovnicou
5. Porovnanie bok po boku - hierarchické vs celé genómové brokovnice sekvencovania v tabuľkovej forme
6. Zhrnutie

Čo je hierarchické brokovnice?

Hierarchické brokovnice sú jednou z metód sekvenovania. Nazýva sa to aj postupnosť zhora nadol. Ďalej táto metóda pozostáva z dvoch krokov: prvým krokom je amplifikácia genómu a druhým krokom je fragmentácia genómu. Pri tejto metóde je genóm najskôr strihaný na veľké fragmenty. Nasleduje klonovanie týchto veľkých fragmentov do rôznych hostiteľov pomocou vektorov alebo umelých chromozómov. Potom sú tieto rekombinantné vektory usporiadané do knižnice. Počas sekvenovania brokovnicou sa klony rekombinantného vektora podrobujú sekvenovaniu individuálne. Fragmenty v klonoch sa podrobia reštrikčnému štiepeniu, aby sa ďalej zmenšila veľkosť genómu, čím sa podrobí sekvenovaniu.

Obrázok 01: Hierarchické brokovnice

Počas hierarchického sekvencovania brokovnice musia byť veľké kúsky fragmentov usporiadané v poradí pred sekvenovaním brokovnice. Uskutočňuje sa pomocou molekulárnych markerov, ktoré sú začlenené počas procesu klonovania.

Hierarchické sekvenovanie brokovnice vytvára mapu génov s nízkym rozlíšením. Vytvára však usporiadanú sekvenčnú mapu. Trvá teda dlhšie ako priame sekvenovanie. Celý proces sa oneskoruje v dôsledku vytvorenia knižnice rekombinantných vektorov. Je to tiež technika náročná na prácu. V súčasnosti je však táto technika automatizovaná, aby sa uľahčila práca.

Čo je sekvenovanie brokovnice celého genómu?

Sekvenovanie celého genómu brokovnice je jednokrokový proces sekvenovania. V tomto procese sa najprv uskutoční strih celého genómu. Potom sa každý z týchto malých fragmentov náhodne sekvenuje. Po dokončení sekvenovania sa uskutoční analýza sekvencií. Počas sekvenčnej analýzy sa prekrývajúce sa sekvencie odstránia a analýza nie je usporiadaným procesom. Z tohto dôvodu je zostavenie sekvencií v porovnaní s hierarchickým sekvencovaním brokovnice menej efektívny proces. Proces sekvenovania brokovnice celého genómu je však rýchlejší a analýza celého genómu sa môže uskutočniť v jednom prípade..

Aké sú podobnosti medzi hierarchickým a celým genómovým brokovníkom?

• Hierarchické a celé genómové brokovnice sú dva sekvenčné prístupy.
• Obe sa podrobujú Sangerovým sekvencovaním alebo automatizovaným Sangerovým sekvenčným metódam.
• Podieľajú sa na sekvenovaní fragmentov DNA a RNA.
• Okrem toho sú obe metódy dôležité z hľadiska molekulárnej diagnostiky a výskumu.
• V súčasnosti sú obidve techniky automatizované alebo založené na počítači.
• Obe techniky sa spoliehajú na fragmentáciu genómu.

Aký je rozdiel medzi hierarchickou a celou genómovou brokovnicou?

Hierarchické sekvenovanie brokovnice vytvára fragmenty s väčšou veľkosťou v porovnaní so sekvencovaním brokovníc s celkovým genómom, ktoré pracujú s malými fragmentmi sekvencií. Toto je kľúčový rozdiel medzi hierarchickým a celým genómovým sekvencovaním brokovnice. Hierarchické sekvenovanie brokovnice sa okrem toho skladá z dvoch hlavných krokov, zatiaľ čo sekvenovanie brokovnice celého genómu sa spolieha na jeden hlavný krok..

Ďalším rozdielom medzi hierarchickým a celým genómovým brokovníkom je, že rozlíšenie je vyššie v sekvencovaní brokovnice v porovnaní s hierarchickým brokovníkom.

Nižšie uvedený infographic sumarizuje rozdiel medzi hierarchickým a celým genómovým brokovníkom.

Zhrnutie - hierarchické vs celé genómové brokovnice

Hierarchické a celé genómové brokovnice sú dve techniky na sekvenovanie veľkých genómov. Hierarchická sekvencia brokovnice je dvojkrokový proces sekvenovania, pri ktorom je genóm rozdelený na väčšie fragmenty. Naproti tomu celé genómové brokovnice sú jednokrokovým sekvencovaním, pri ktorom je genóm rozdelený na malé fragmenty a priamo sekvenovaný. Toto je kľúčový rozdiel medzi hierarchickým a celým genómovým sekvencovaním brokovnice. Okrem toho sa technické aspekty môžu medzi týmito dvoma technikami líšiť.

referencie:

1. Waterston, Robert H, a kol. "O sekvenovaní ľudského genómu." Zborník Národnej akadémie vied Spojených štátov amerických, Národnej akadémie vied, 19. marca 2002, k dispozícii tu.
2. Pal, Shital. "Sekvenovanie genómu." LinkedIn SlideShare, 4. novembra 2014, k dispozícii tu.

S láskavým dovolením:

1. „Sekvenovanie brokovníc celého genómu verzus hierarchické brokovnice“ Commins, J., Toft, C., Fares, M. A. - „Výpočtové biologické metódy a ich aplikácia na komparatívnu genomiku endocelulárnych symbiotických baktérií hmyzu.“ Biol. Postupy online (2009). Prístup cez SpringerImages (CC BY-SA 2.5) cez Commons Wikimedia