Rozdiel medzi sondou a základným náterom

Kľúčový rozdiel - sonda vs primér
 

Molekulárna sonda je malý fragment DNA alebo RNA, ktorý rozpoznáva komplementárne sekvencie v DNA alebo RNA a umožňuje identifikáciu cieľovej sekvencie. Primér je malý úsek DNA alebo RNA, ktorý slúži ako východiskový bod pre syntézu DNA. Priméry a sondy hybridizujú s komplementárnymi nukleotidmi templátovej DNA alebo cieľovej DNA. Kľúčový rozdiel medzi sondou a primerom je však taký Priméry sú potrebné na replikáciu DNA, zatiaľ čo sondy sú potrebné na detekciu špecifických sekvencií vo vzorke DNA.

OBSAH
1. Prehľad a kľúčový rozdiel
2. Čo je sonda
3. Čo je základný náter
4. Porovnanie bok po boku - sonda vs primer
5. Zhrnutie

Čo je sonda?

Sonda je malý fragment DNA alebo RNA používaný na detekciu cieľovej DNA alebo RNA vo vzorke molekulárnou hybridizáciou. Sú tiež známe ako molekulárne markery. Dĺžka sondy sa môže meniť (100 až 1000 báz) a nukleotidové sondy sú komplementárne k časti cieľovej sekvencie. Pre ľahšiu detekciu sú sondy označené rádioaktívnymi izotopmi alebo fluorescenčnými farbivami alebo protilátkami. Sondy sa viažu s komplementárnymi bázami cieľovej sekvencie a odhaľujú prítomnosť cieľovej DNA alebo RNA vo vzorke. Existujú dve hlavné metódy označovania sond: koniec označovania a preklad nicku. Sondy sú rozdelené do rôznych typov vrátane DNA sond, RNA sond, cDNa sond a syntetických oligonukleotidových sond a pripravujú sa rôznymi technikami..

Sondy sú dôležitými nástrojmi v mnohých mikrobiálnych a molekulárnych oblastiach, ako sú virologia, forenzná patológia, testovanie otcovstva, otlačky DNA, detekcia genetických chorôb, RFLP, molekulárna cytogenetika., in situ hybridizácia atď.

Obrázok 01: Fluorescenčne značená sonda použitá v FISH na detekciu patogénov

Čo je to základný náter?

Primér je krátky fragment DNA alebo RNA, ktorý slúži ako iniciátor pre syntézu DNA. Enzým DNA polymerázy pridáva nukleotidy do 3 'OH skupiny primérovej sekvencie a syntetizuje nové vlákno komplementárne k templátovej DNA. Priméry sú veľmi krátke fragmenty s dĺžkou 18 až 20 nukleotidov. Chemicky sa syntetizujú v laboratóriu pre in vitro DNA amplifikácia (PCR). Priméry môžu mať akúkoľvek sekvenciu nukleotidov, pretože sú navrhnuté používateľom. Syntetizujú sa tak, aby sa zhodovali s komplementárnymi bázami templátovej DNA. Preto môže mať akúkoľvek sekvenciu nukleotidov. Priméry sú nanajvýš dôležité pre replikáciu DNA, pretože DNA polymeráza nemôže syntetizovať novú DNA bez existujúceho kúska DNA. Pri navrhovaní primerov pre PCR je potrebné zohľadniť tieto skutočnosti:

• Priméry by mali obsahovať komplementárne nukleotidy k okrajovému koncu DNA, ktorá sa chce amplifikovať.
• Primery by mali mať teplotu topenia medzi 55 - 65 ⁰C
• Obsah G a C by mal byť medzi 50 až 60%.

V PCR sa používajú dva priméry ako forward a reverz na replikáciu obidvoch reťazcov DNA vzorky. Priméry sa bežne používajú na uskutočnenie PCR a DNA sekvenovania.

Obrázok 02: Žíhanie priméru v PCR

Aký je rozdiel medzi sondou a primerom?

Sondy vs Primer
Sonda je malý fragment DNA / RNA používaný na detekciu prítomnosti cieľovej sekvencie vo vzorke molekulárnou hybridizáciou.	Primér je malý úsek DNA alebo RNA, ktorý slúži ako východiskový bod pre replikáciu DNA.
funkcie
To deteguje prítomnosť špecifickej sekvencie vo vzorke DNA alebo RNA.	Toto slúži ako východiskový bod pre syntézu DNA.
dĺžka
Dĺžka môže byť v rozsahu 100 - 1000 základov	Dĺžka je obvykle okolo 18 - 20 základov
Väzba s doplnkovou sekvenciou
Sonda hybridizuje s komplementárnymi bázami cieľovej sekvencie	Primerové žíhanie s komplementárnymi bázami vlákien DNA.
označovanie
Sondy sú označené kvôli ľahkej detekcii	Primery nie sú všeobecne označené
Použitie v PCR
Sondy sa pri PCR nepoužívajú	Priméry sa používajú pri PCR

Zhrnutie - Probe vs Primer

Sonda je malý fragment DNA alebo RNA sekvencie, ktorá môže byť hybridizovaná s komplementárnymi nukleotidmi na detekciu cieľovej sekvencie vo vzorke. Sondy sú značené rádioaktívne, imunologicky alebo fluorescenčne, aby sa zistila prítomnosť cieľovej sekvencie. Primer je veľmi malý fragment DNA alebo RNA, ktorý slúži ako východiskový bod pre in vitro DNA amplifikácia. DNA polymeráza identifikuje primér skupiny 3 'OH a iniciuje tvorbu nového vlákna komplementárneho k templátu. Sondy a priméry fungujú podobne hybridizáciou s komplementárnymi nukleotidmi. Kľúčový rozdiel medzi sondou a primerom je teda ich hlavná funkcia.

referencie:
1. „Primer (molekulárna biológia).“ Wikipedia. Nadácia Wikimedia Foundation, 2. februára 2017. Web. 01.03.2017.
2. „Hybridizačná sonda.“ Wikipedia. Nadácia Wikimedia, 30. decembra 2016. Web. 01.03.2017
3. „Primer (molekulárna biológia).“ Primer (molekulárna biológia) - Témy ScienceDirect. N.p., n.d. Web. 01.03.2017

S láskavým dovolením:
1. „RYBY na identifikáciu bakteriálneho patogénu“ od Pepetps Togopic Ivan Akira Magnus ManskeTimothy W. Ford - (CC BY-SA 3.0) cez Commons Wikimedia
2. „Primers RevComp Melted2“ od Richard Wheeler (Zephyris) - vlastná práca (CC BY-SA 3.0) prostredníctvom Commons Wikimedia