Rozdiel medzi proteomikou a transkriptómami

Kľúčový rozdiel - proteomika vs Transkripttomics
 

Omická technológia je súčasným trendom, keď sa na rôzne biomolekuly organizmu pozerá ako na celú zbierku, pokiaľ ide o jeho vlastnosti a funkcie. Omic technológia má širokú škálu aplikácií. Rôzne omics biologickej vzorky zahŕňajú genomiku, proteomiku, transkriptomiku a metabolomiku. Proteomika zahŕňa kompletné štúdium všetkých proteínov v živom organizme. Je definovaný ako súbor všetkých exprimovaných proteínov v organizme, jeho štrukturálne a funkčné vlastnosti. Kompletná sada proteínov preto tvorí proteóm. Transcriptomika je kompletná štúdia všetkých molekúl mediátora RNA (mRNA) prítomných v živom organizme. Transkriptomika sa teda zaoberá génmi, ktoré sa aktívne exprimujú v živom organizme. Celková sada mRNA v živom organizme sa označuje ako transkriptóm. kľúčový rozdiel Proteomika a transkriptomika je založená na type biomolekuly. V proteomike sa študuje celková množina exprimovaných proteínov v živom organizme, zatiaľ čo v transkriptómoch sa študuje celková mRNA živého organizmu..

OBSAH

1. Prehľad a kľúčový rozdiel
2. Čo je to proteomika
3. Čo je to transkripttomika
4. Podobnosti medzi proteomikou a transkriptómami
5. Porovnanie vedľa seba - proteomika verzus transkriptóm v tabuľkovej forme
6. Zhrnutie

Čo je to proteomika?

Termín proteomika bol vytvorený v roku 1995 a pôvodne bol definovaný ako celkový proteínový doplnok v bunke, tkanive alebo organizme. S pokrokom v proteomických štúdiách sa potom upravil tak, aby sa považoval za zastrešujúci pojem, do ktorého bolo zahrnutých mnoho študijných odborov. V súčasnosti sa v rámci témy proteomika študuje štruktúra, orientácia, funkcie, jej interakcie, jej modifikácie, jej aplikácie a význam proteínov. Preto je v súčasnosti veľa výskumov v oblasti proteomiky.

Uskutočnili sa prvé proteomické štúdie na identifikáciu obsahu proteínov v Escherichia coli. Mapovanie celkového obsahu proteínov sa uskutočnilo pomocou dvojrozmerných (2D) gélov. Po úspechu vedci pokračovali v charakterizácii celkového obsahu proteínov u zvierat, ako sú morčatá a myši. V súčasnosti sa mapovanie ľudských proteínov uskutočňuje pomocou 2D gélovej elektroforézy.

Aplikácia proteomiky

Štúdium proteomiky má veľa výhod, pretože proteíny sú hlavnými molekulami väčšiny aktivity v dôsledku katalytickej vlastnosti proteínov. Štúdium celých proteínov tak môže poskytnúť informácie týkajúce sa zdravotného stavu organizmu. Niektoré aplikácie sú;

1. Anotácia genómu: Štúdiom obsahu bielkovín v organizme je možné určiť presné genómy zodpovedné za aktívnu bielkovinovú zlúčeninu. V tomto scenári sú dôležité výsledky zo všetkých genomických, transkriptomických a proteomických.
2. Identifikácia / diagnostika chorôb: Proteomika sa používa na identifikáciu chorobného stavu porovnaním zdravých a chorých
3. Vykonávať expresia proteínu študované počas experimentu.
4. Štúdie modifikácie proteínov a interakčné štúdie: Za účelom použitia proteínov v vitro podmienky alebo a in vivo podmienok, rozhodnúť o podmienkach skladovania týchto extrahovaných proteínov a študovať správanie proteínu v in vitro, in vivo a in - silico metódy.

Obrázok 01: Proteomika

V proteomike sú zahrnuté rôzne techniky

1. Extrakcia celkového proteínu a separácia proteínov pomocou 2D gélovej elektroforézy. Proteíny je možné separovať aj pomocou vysokoúčinnej kvapalinovej chromatografie (HPLC)..
2. Sekvenovanie extrahovaných proteínov pomocou metód, ako je Edmundova sekvenčná metóda alebo hmotnostná spektrometria.
3. Po identifikácii sekvencií sa štruktúrne a funkčné vlastnosti obsahu proteínov analyzujú pomocou počítačového softvéru a nástrojov bioinformatiky.

Čo je to transkripttomika?

Termín prepisu je vytvorený nedávno. Transcriptomika je štúdium celkového obsahu mRNA v organizme. Celková mRNA je exprimovaná DNA v živom organizme alebo bunke. Kompletná zbierka mRNA sa označuje ako transkriptóm.

Kroky k analýze transkriptómu zahŕňajú,

1. Extrakcia RNA, separácia mRNA pomocou stĺpcovej gélovej chromatografie s poly DT guľôčkami.
2. Uskutoční sa sekvenovanie mRNA.

Technológia Microarray je jedným z bežných spôsobov identifikácie transkriptu organizmu. Technika mikročipu zahŕňa sondovú doštičku s komplementárnymi vláknami transkriptu. Po hybridizácii je možné charakterizovať mRNA prítomnú v organizme alebo bunkách.

Obrázok 02: Transkriptomické techniky

Transkrtomtomika sa v súčasnosti bežne používa v lekárskej oblasti. Diagnostika chorôb a profilovanie chorôb sú hlavné oblasti, v ktorých sa používa transkripttomika. Analýzou transkriptómu organizmu je možné identifikovať cudziu mRNA a ak existujú nejaké infekcie, je možné ju identifikovať. Nekódujúca RNA sa môže separovať pomocou transkriptomických technológií. A tiež je možné monitorovať expresiu génov pri rôznych environmentálnych stresoch.

 Aké sú podobnosti medzi proteomikou a transkriptómami?

• Obidve sú súčasťou konceptu omic technológie.
• Obidve sa používajú pri diagnostike chorôb a pri charakterizácii chorôb organizmu.
• Obe študijné oblasti zahŕňali extrakciu biomolekuly, separáciu biomolekuly a kroky sekvenovania.

Aký je rozdiel medzi proteomikou a transkriptómami?

Protemici verzus transkripttomy
Proteomika zahŕňa kompletné štúdium všetkých proteínov v živom organizme.	Transcriptomika je kompletná štúdia všetkých molekúl mediátora RNA (mRNA) prítomných v živom organizme.
Študovaný typ biologickej molekuly
Proteíny sa študujú v proteomike.	mRNA sa študujú v transkriptómoch.
Faktory študované
Štruktúra, funkcia, interakcie, modifikácie a aplikácie proteínov sú študované v proteomike.	Štruktúra sekvencií, interakcie s prostredím a aplikáciami mRNA sa študujú v transkriptómoch.

Zhrnutie - proteomika vs Transkripttomics 

Omics hrajú dôležitú úlohu v oblasti biologických vied. Proteomika znamená štúdium proteómu, ktorý tvorí úplnú zbierku proteínov v bunke alebo organizme. Transkriptomika znamená štúdiu transkriptómu, ktorý je úplnou sadou exprimovanej DNA vo forme mRNA. Obe študijné oblasti, proteomika a transkriptómia, boli odvodené od zavedenia genomiky a v súčasnosti sa široko používajú v lekárskej diagnostike a charakterizácii a skríningu organizmov. Toto je rozdiel medzi proteomikou a transkriptómami.

Stiahnite si PDF Proteomics vs Transcriptomics

Môžete si stiahnuť verziu tohto článku vo formáte PDF a použiť ju na účely offline podľa citácie. Stiahnite si verziu PDF tu: Rozdiel medzi proteomikou a transkriptómami

referencie:

1.Horgan, Richard P. a Louise C. Kenny. „Omické technológie: genomika, transkriptomika, proteomika a metabolomika.“ Porodník a gynekológ, Blackwell Publishing Inc, 18. júla 2011. K dispozícii tu  
2.Graves, Paul R. a Timothy A. J. Haystead. "Príručka molekulárneho biológa k proteomike." Recenzie mikrobiológie a molekulárnej biológie, Americká spoločnosť pre mikrobiológiu, marec 2002. K dispozícii tu
3.Lowe, Rohan a kol. „Transcriptomické technológie.“ PLoS Computational Biology, Public Library of Science, May 2017. K dispozícii tu  

S láskavým dovolením:

1.'Proteomics'By Xxl7441 v anglických wikibookoch - prevedené z en.wikibookov na Commons., (Public Domain) cez Commons Wikimedia
2.'Mikročiarska a sekvenčná prietoková bunka 'Thomas Thomas Shafee - vlastná práca, (CC BY 4.0) prostredníctvom Commons Wikimedia