Rozdiel medzi náhodnými primermi a Oligo dT

kľúčový rozdiel medzi náhodnými primermi a oligo dT je to náhodný primér je zmesou všetkých možných hexamérnych oligonukleotidových sekvencií, zatiaľ čo oligo dT primér pozostáva z jednovláknového úseku 12-18 deoxytymidínov.

Reverzná transkripcia je mechanizmus, v ktorom je možné cDNA syntetizovať pomocou mRNA alebo akéhokoľvek druhu RNA. Na výrobu cDNA by sa mali poskytnúť enzýmy reverznej transkriptázy a ďalšie potrebné zložky, najmä templát a priméry. Priméry sú krátke sekvencie DNA špecificky navrhnuté na amplifikáciu cieľových sekvencií. Náhodné priméry a oligo dT priméry sú dva bežné typy primerov používaných v reverznej transkripcii. Preto náhodný primér alebo oligo dT primer sú krátke DNA oligonukleotidové sekvencie potrebné na reverznú transkriptázu na iniciáciu reverznej transkripcie. V závislosti od RNA templátu sa z týchto dvoch typov primérov môže vybrať vhodný primer.

OBSAH

1. Prehľad a kľúčový rozdiel
2. Čo sú náhodné primery 
3. Čo je Oligo dT
4. Podobnosti medzi náhodnými primermi a Oligo dT
5. Porovnanie bok po boku - náhodné priméry verzus Oligo dT v tabuľkovej forme
6. Zhrnutie

Čo sú náhodné primery?

Náhodný primér je zmes oligonukleotidov predstavujúcich všetky možné hexamérne sekvencie. Primerová sekvencia náhodného priméru je 5 '- d (NNNNNN) -3' N = G, A, T alebo C. Preto sa môžu náhodné priméry použiť na amplifikáciu jednovláknovej DNA alebo RNA pomocou DNA polymerázy alebo reverznej transkriptázy, resp. Okrem toho je náhodná zmes primérov schopná amplifikovať všetky oblasti RNA za vzniku cDNA. Produkuje teda rôzne dĺžky cDNA.

Obrázok 01: Náhodné primery

Najdôležitejšie je, že náhodná zmes primérov nevykazuje špecifickosť templátu. Nie je schopný rozlíšiť mRNA a iné druhy RNA. A žíhajú sa s akýmkoľvek druhom RNA vo vzorke. Náhodná zmes primérov je však vhodná na reverznú transkripciu RNA bez poly (A) chvostov, ako sú rRNA, tRNA, nekódujúce RNA, malé RNA, prokaryotická mRNA atď., Degradovaná RNA a RNA so známymi sekundárnymi štruktúrami.

Čo je Oligo dT?

Oligo dT primer je úsek 12 - 18 deoxytymínu (dT). Sekvencia primérov môže byť reprezentovaná ako 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3. Používa sa na produkciu cDNA z mRNA obsahujúcej poly (A) chvost. V podstate pôsobí ako primer pre reakciu katalyzovanú reverznou transkriptázou. Počas reverznej transkripcie sa oligo dT primér hybridizuje s polyadenylovaným chvostom nachádzajúcim sa na 3 'konci väčšiny eukaryotických mRNA a začína proces.

Obrázok 02: Reverzná transkripcia pomocou priméru Oligo dT

Na rozdiel od náhodného priméru, oligo dT primer nie je vhodný pre degradovanú RNA alebo RNA, ktorým chýbajú poly (A) chvosty, vrátane prokaryotickej RNA a mikroRNA.

Aké sú podobnosti medzi náhodnými primermi a Oligo dT?

• Náhodný primer a oligo dT primer sú dva typy primerov, ktoré sa používajú pri reverznej transkripcii a pri príprave cDNA.
• Spoločným použitím náhodného priméru a oligo dT priméru sa zvyšuje citlivosť syntézy cDNA.
• Sú to jednoreťazcové krátke nukleotidové sekvencie.

Aký je rozdiel medzi náhodnými primermi a Oligo dT?

Náhodný primér je krátka oligonukleotidová sekvencia zložená z náhodnej sekvencie. Medzitým oligo dT primer je krátky reťazec zložený z 12 až 18 deoxytymidínov. Toto je kľúčový rozdiel medzi náhodnými primermi a oligo dT. Sekvencia náhodného priméru je 5 '- d (NNNNNN) -3' N = G, A, T alebo C. Zatiaľ čo sekvencia oligo dT priméru je 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3 ' , Preto to môžeme považovať za ďalší rozdiel medzi náhodnými primermi a oligo dT.

Náhodné priméry navyše nevykazujú špecifickosť templátu a hybridizujú s akýmkoľvek druhom RNA, zatiaľ čo oligo dT priméry vykazujú špecificitu pre poly (A) konce eukaryotickej mRNA..

Nižšie uvedený infographic sumarizuje rozdiel medzi náhodnými primermi a oligo dT.

Zhrnutie - Random Primers vs Oligo dT

Náhodný primer a oligo dT primer sú dva typy primerov používaných v syntéze cDNA. Náhodný primér pozostáva zo zmesi oligonukleotidov predstavujúcich všetky možné hexamérne sekvencie, zatiaľ čo oligo dT primer je jednovláknová sekvencia 12 až 18 deoxytymidínov. Toto je kľúčový rozdiel medzi náhodnými primermi a oligo dT. Okrem toho sú oligo dT priméry užitočné pre úplnú reverznú transkripciu RNA s poly (A) chvostom, zatiaľ čo náhodné priméry sú užitočné pre reverznú transkripciu väčšiny druhov RNA, vrátane degradovanej RNA, RNA, ktorá nemá poly (A) chvosty a RNA obsahujúcu sekundárne štruktúry. Preto náhodný primer nevykazuje špecifickosť templátu, zatiaľ čo oligo dT primer vykazuje špecificitu voči eukaryotickej mRNA obsahujúcej poly (A) chvost.

referencie:

1. „Nastavenie spätného prepisu: Thermo Fisher Scientific - USA.“ Nastavenie spätného prepisu Thermo Fisher Scientific - USA, k dispozícii tu.

S láskavým dovolením:

1. „Primers RevComp“ od Zephyris - vlastná práca (CC BY-SA 3.0) prostredníctvom Commons Wikimedia
2. „RT PCR model“ od Lokeshthimmana - vlastná práca (CC BY-SA 4.0) prostredníctvom Commons Wikimedia