Rozdiel medzi shRNA a siRNA

shRNA vs siRNA

Počas procesu RNA interferencie (RNAi) je expresia cieľového génu potlačená s vysokou špecifickosťou a selektivitou. RNAi je prirodzený proces a zahŕňa malú interferujúcu RNA (siRNA) a krátku vlásenkovú RNA (shRNA) a bi-funkčnú shRNA. V súčasnosti sa RNAi široko používa ako nástroj na personalizovanú liečbu rakoviny. Aplikácia RNAi sa v podstate uskutočňuje pomocou chemicky syntetizovaných molekúl shRNA s dvojreťazcovými siRNA a vektormi. Aj keď tieto dve molekuly majú podobné funkčné výsledky, líšia sa svojou štruktúrou; molekulárne mechanizmy pôsobenia, dráhy RNA a účinky mimo týchto cieľových molekúl sa teda tiež líšia.

zhrnieme

shRNA je sekvencia malej RNA molekuly, ktorá vytvára pevný vlásnik, ktorý sa môže použiť na umlčanie expresie cieľového génu počas RNAi. Expresia shRNA sa dosiahne pomocou vektora, ktorým môže byť buď vírus alebo baktéria, alebo dodaním plazmidov. Syntetizujú sa v jadre buniek a transportujú sa do cytoplazmy na ďalšie procesy. Tieto molekuly majú podobné dráhy maturácie miRNA; syntéza miRNA teda poskytla základ pre pochopenie syntézy shRNA. Buď RNA polymeráza II alebo III môže transkribovať shRNA prostredníctvom promótorov RNA polymerázy II alebo III. Výhodou použitia shRNA je to, že majú relatívne nízku mieru degradácie a obratu. Nevýhodou je, že potrebuje expresný vektor, ktorý môže spôsobiť určité bezpečnostné problémy.

siRNA

siRNA sú dvojvláknové molekuly RNA zložené z 20 až 25 párov báz. Tieto sa používajú na supresiu génu umlčaním ktoréhokoľvek génu s komplementárnou nukleotidovou sekvenciou v RNAi dráhe. Zníženie génu transfekciou siRNA je často neúspešné kvôli prechodnému účinku; najmä v rýchlo sa deliacich bunkách a potlačenie netrvá dlhšie. Na prekonanie tohto problému je siRNA modifikovaná zavedením krátkej vlásenkovej štruktúry. Táto modifikovaná molekula sa potom nazýva shRNA. shRNA by mala byť konvertovaná na siRNA pomocou zariadenia Dicer, aby mohla pokračovať vo svojej normálnej funkcii.

Aký je rozdiel medzi shRNA a siRNA?

• Na rozdiel od siRNA má shRNA extra vlásenkovú štruktúru. shRNA je modifikovaná verzia siRNA.

• shRNA vyžaduje expresný vektor, zatiaľ čo siRNA nie.

• shRNA sa môže použiť na dlhodobé knockdown, zatiaľ čo siRNA sa môže použiť iba na krátkodobé knockdown génov.

• Na rozdiel od génovej supresie siRNA, supresia shRNA je dlhotrvajúca a ak je vložená prostredníctvom vhodného vírusového vektora, môže spôsobiť trvalé tlmiace účinky génov..

• Dicer je povinný previesť shRNA späť na siRNA molekulu, aby mohol vykonávať svoje normálne funkcie.