Rozdiel medzi SYBR Green a Taqman

Kľúčový rozdiel - SYBR Green vs Taqman
 

SYBR Green a Taqman sú dve metódy používané na detekciu alebo sledovanie procesu amplifikácie PCR v reálnom čase. SYBR Green je metóda založená na interkalovaní farbiva na farbenie nukleových kyselín, zatiaľ čo Taqman je metóda založená na hydrolyzačnej sonde. Obe technológie sú navrhnuté tak, aby generovali fluorescenciu počas PCR, ktorá umožňuje PCR prístroju v reálnom čase monitorovať reakciu v „reálnom čase“.. Metóda SYBR Green sa uskutočňuje s použitím fluorescenčného farbiva zvaného SYBR green a detekuje amplifikáciu naviazaním farbiva na produkovanú dvojvláknovú DNA. Taqman sa uskutočňuje pomocou duálne značených sond a detekuje amplifikáciu degradáciou sondy Taq polymerázou a uvoľňovaním fluoroforu.. Toto je hlavný rozdiel medzi SYBR Green a Taqman.

OBSAH
1. Prehľad a kľúčový rozdiel
2. Čo je SYBR Green
3. Čo je Taqman
4. Porovnanie vedľa seba - SYBR Green vs Taqman
5. Zhrnutie

Čo je SYBR Green?

SYBR Green je fluorescenčné farbivo používané na farbenie nukleových kyselín, najmä dvojvláknovej DNA v Molecular Biology. Metóda SYBR Green sa používa na kvantifikáciu produktov PCR počas PCR v reálnom čase. Akonáhle sa viaže s DNA, výsledný komplex DNA-farbivo absorbuje modré svetlo a vyžaruje intenzívne zelené svetlo. Stáva sa to kvôli štrukturálnej zmene, ktorá sa vyskytuje v molekule farbiva po väzbe s dvojreťazcovou DNA. Keď PCR vytvára čoraz viac DNA, viac molekúl farbiva sa viaže s DNA, čím sa vytvára viac fluorescencie. Preto sa fluorescencia zvyšuje s akumuláciou produktu PCR. Preto je možné kvantitatívne zmerať množstvo produktu PCR pomocou fluorescenčnej detekcie SYBR Green.

Zelené farbivo SYBR sa môže tiež použiť na značenie DNA v cytometrii a fluorescenčnej mikroskopii. Ethidiumbromid bol úspešne nahradený SYBR Green, pretože Ethidiumbromid je karcinogénne farbivo s problémami s likvidáciou počas vizualizácie DNA pri elektroforéze na géli..

Existujú výhody a nevýhody metódy SYBR green. Táto metóda je veľmi citlivá, lacná a ľahko použiteľná. Avšak vďaka svojej schopnosti viazať sa na akúkoľvek dvojvláknovú DNA môže nešpecifická väzba viesť k nadmernej kvantifikácii produktu PCR..

Obrázok 01: SYBR Green Technique

Čo je Taqman?

Taqman je alternatívnou metódou k SYBR Green na monitorovanie PCR procesu v reálnom čase. Táto metóda závisí od 5 '- 3' exonukleázovej aktivity enzýmu Taq polymerázy, aby degradovala sondy počas predlžovania nového vlákna a uvoľňovania fluoroforu. Pri tejto metóde sa používajú duálne značené sondy, ktoré sú založené na hydrolýze sond. Sondy sú fluorescenčné značené DNA oligonukleotidy, ktoré majú fluorescenčnú reportérovú molekulu (fluorofor) na 5 'konci a zhášaci molekulu na 3' konci. Sú navrhnuté tak, aby sa viazali k jednovláknovej šablóne na opačnej strane primenového žíhania. Taq polymeráza pridáva nukleotidy k priméru a predlžuje nové vlákno smerom k duálne značeným sondám. Keď sa Taq polymeráza stretne so sondou, exonukleázový účinok Taq polymerázy aktivuje a degraduje sondu. Po dokončení syntézy nového vlákna sa sonda podrobí úplnej degradácii a uvoľní sa fluorofor. Uvoľňovanie fluoroforu generuje fluorescenciu. Fluorescenčné tlmiace činidlo účinne tlmí emitované svetlo a vytvára výstup pre kvantifikáciu produktu PCR. Uvoľňovanie fluoroforov a množstvo produktov PCR sú primerané. Kvantifikácia sa preto môže ľahko uskutočniť pomocou metódy Taqman.

Obrázok 02: Taqmanova metóda

Taqmanova metóda sa používa v PCR v reálnom čase, kvantifikácii génovej expresie, detekcii genetických polymorfizmov, kvantifikácii delécií chromozomálnej DNA, identifikácii baktérií, overovaní mikročipovej analýzy, genotypizácii SNP atď..

Aký je rozdiel medzi SYBR green a Taqman?

SYBR Green vs Taqman
SYBR Green je založený na farbive viažucom DNA.	Taqman závisí od hybridizačných sond a 5 'až 3' exonukleázovej aktivity Taq polymerázy.
Fluorescenčné značené sondy
Nie sú potrebné žiadne fluorescenčné značené sondy.	Vyžadujú sa duálne značené sondy.
Analýza multiplexového génu
Nemôže sa použiť na multiplexové génové ciele.	Môže sa použiť na multiplexové génové ciele.
náklady
To je lacnejšie.	To je drahšie.
špecifickosť
Toto je menej špecifické a viaže sa s akoukoľvek dvojreťazcovou DNA	Toto sú vysoko špecifické, pretože sondy detegujú špecifické produkty amplifikácie.
účinnosť
To je menej efektívne.	Toto je vysoko efektívne.
prihláška
Používa sa pri PCR v reálnom čase, vizualizácii na agarózovom géli, označovaní DNA atď.	Používa sa pri PCR v reálnom čase, kvantifikácii génovej expresie, detekcii genetických polymorfizmov atď.

Zhrnutie - SYBR Green and Taqman

Taqman a SYBR green sú dve metódy používané v real-time PCR (kvantitatívna PCR). Obidve metódy umožňujú efektívnu kvantifikáciu produktu PCR a spoliehajú sa na emisiu fluorescencie. Metóda Taqman využíva duálne značené sondy na detekciu akumulovanej DNA, zatiaľ čo metóda SYBR Green používa fluorescenčné farbivo. Obe tieto metódy majú tiež rôzne aplikácie v molekulárnej biológii.

referencie:
1. Tajadini, Mohamad Hasan, Mojtaba Panjehpour a Shaghayegh Haghjooy Javanmard. „Porovnanie metód SYBR Green a TaqMan v kvantitatívnej analýze polymerázovej reťazovej reakcie v reálnom čase štyroch podtypov receptorov adenozínu.“ Pokročilý biomedicínsky výskum. Medknow Publications & Media Pvt Ltd, 2014. Web. 13. marca 2017.
2. „Základné princípy PCR v reálnom čase“. PCR v reálnom čase, kvantitatívne (qPCR), priméry a Mastermix: Primerdesign Ltd. N.p., n.d. Web. 13. marca 2017.
3. „SYBR zelené a iné PCR farbivá v reálnom čase.“ Biocompare. N.p., 5. apríla 2010. Web. 14. marca 2017

S láskavým dovolením:
1. „PCR so zelenou SYBR“ Do -Ygonaar 23:09, 7. marca 2006 (UTC) - Je to graf, ktorý vytvoril Ygonaar s Power Point, CC BY-SA 3.0, https://commons.wikimedia.org/w/ index.php? curid = 619528
2. „Taqman“ používateľom: Braindamaged - vlastná práca (public domain) prostredníctvom Commons Wikimedia