V minulosti, archea boli klasifikované ako baktérie a boli povolaní Archaebacteria. Zistilo sa však, že archaea má v porovnaní s biochemickou históriou zreteľný vývoj
Až do polovice 20. storočia biológovia klasifikovali všetky živé bytosti ako rastlinu alebo zviera. Tento systém však nedokázal ubytovať huby, protisty a baktérie. V 70. rokoch sa klasifikačný systém vyvinul na tzv. Päť kráľovstiev - prokaryoty (baktérie) a eukaryoty (rastliny, zvieratá, huby, protisty). Eukaryoty sa vyznačujú prítomnosťou jadier, cytoskeletónov a vnútorných membrán vo svojich bunkách.
Na konci 70. rokov Dr. Carl Woese a jeho kolegovia z University of Illinois identifikovali skupinu mikroorganizmov, ktorých genetické zloženie bolo výrazne odlišné od iných baktérií. Preto rozdelili prokaryotický život na to, čo nazývali archaeabacteria a eubaktérie. Neskôr však dospeli k záveru, že „archaeabaktérie“ boli dostatočne odlišné na to, aby vôbec neboli baktériami. Skupiny boli premenované archea a baktérie.
Strom života ukazujúci klasifikáciu všetkých živých organizmov.Archaea aj eubaktérie majú podobný tvar a veľkosť. Obidve sa vyskytujú ako prúty, koky, špirály, taniere alebo stočené.
Všeobecná bunková štruktúra archaea a baktérií je rovnaká, ale zloženie a organizácia niektorých štruktúr sa v archaea líšia. Podobne ako baktérie, archaea nemajú vnútorné membrány, ale obidve majú bunkovú stenu a plávajú bičíky.
Archaea sa líši v skutočnosti, že ich bunková stena neobsahuje peptidoglykán a bunková membrána používa éterom viazané lipidy, na rozdiel od estermi viazaných lipidov v baktériách.
Archaea bičík sa vyvinul z pili bakteriálneho typu IV, zatiaľ čo bakteriálny bičík sa vyvinul zo sekrečného systému typu III. Bakteriálny bičík je ako stonka, ktorá je dutá a je zostavená z podjednotiek, ktoré sa môžu voľne pohybovať po strednom póre, pričom sa pridávajú k špičke bičíkov, zatiaľ čo v archaea sa do základne pridávajú bičíky bičíkov.
Archaea rozmnožovať sa asexuálne procesom binárneho štiepenia, pučania a fragmentácie. Eubacteria rozmnožujú sa asexuálne prostredníctvom binárneho štiepenia, pučania, fragmentácie, ale eubaktérie majú jedinečnú schopnosť vytvárať spóry, aby zostali spiace v priebehu rokov, čo je vlastnosť, ktorú Archaea nevykazuje. Rast baktérií nasleduje v troch fázach, oneskorovacia fáza, keď sa bunky prispôsobujú novému prostrediu, log fázy označujú exponenciálny rast a stacionárna fáza, keď sú vyčerpané živiny..
Archaea môžu prežiť v extrémnom a drsnom prostredí, ako sú horúce pramene, slané jazerá, močiare, oceány, črevá prežúvavcov a ľudia.. Eubacteria sú všadeprítomné a nachádzajú sa v pôde, horúcich prameňoch, rádioaktívnej odpadovej vode, zemskej kôre, organických látkach, telách rastlín a zvierat atď..